Лишь немногие из лекций Иоанна были собраны и опубликованы после его смерти. Впоследствии они вошли в сборник «Богословские академические чтения», выдержавший два издания (1897, 1906 гг.). В первой части сборника помещены в систематическом виде лекции («чтения») Иоанна по догматическому богословию, записанные студентами Казанской духовной академии и Санкт-Петербургской духовной академии и напечатанные ранее разрозненно в «Христианском чтении» (1874–1877 гг.). Наиболее обстоятельно были записаны лекции о Боге и о троичности Лиц, прочитанные воьсмому курсу Казанской духовной академии, а также о неизменяемости и развитии христианских догматов и о соотношении разума и откровения. Менее полно и отчётливо записаны лекции, прочитанные 26-му и 27-му курсам Санкт-Петербургской духовной академии о Промысле Божьем и о Лице Иисуса Христа. «Неизменяемость догматов, – по мнению Иоанна, – не отрицает их развитие в известной степени». При этом понятие развития, пояснял Иоанн, не следует смешивать с понятием видоизменения. «Развитие догматов должно принимать не в том виде, будто вследствие его могут происходить существенные перемены в догматах: оно состоит в постепенном раскрытии и уяснении их для ума». Такое «естественное развитие», или раскрытие, содержания догматов предполагается уже в Откровении: «В учении Иисуса Христа многие истины представлены ещё кратко, не вполне раскрытыми». В ряде лекций Иоанн опровергал мнение о том, будто «человечество в своём развитии, достигнув высшей степени совершенства, может изжить настоящие догматы, опередить их своим развитием и потребовать новых, которые были бы для него удовлетворительнее». По мысли Иоанна, ни религиозное, ни умственное развитие человечества не может быть соединено с отрицанием христианских догматов. Религиозное развитие возможно только в согласии с христианскими догматами: «Поклонение Богу духом и истиною возможно только при содействии благодати, очищающей душу плотского человека, а догмат о благодати – коренной догмат христианства; следовательно, и самая высшая степень религиозного развития – в царстве славы – зависима от догматов веры: о благодати, об искуплении, о прославлении во Иисусе Христе и проч.». Умственное развитие, в свою очередь, состоит в том, что разум развивает свои врождённые идеи и умножает познания, приобретённые извне, т.е. стремится приблизиться к истине. Рассматривая вопрос о соотношении разума и откровения, Иоанн последовательно разбирает возможные формы такого отношения: разум подчиняется откровению; откровение подчиняется разуму; разум и откровение идут параллельно друг другу, не соединяясь и не расходясь в разные стороны; разум и откровение находятся в единении между собой, образуя неизменный орган человеческого знания истины («богопросвещённый разум»).