Последняя форма представляется, с точки зрения Иоанна, идеальной, именно её являют великие св. отцы древней церкви (святители Афанасий Великий, Василий Великий, Григорий Богослов, Иоанн Златоуст). В изложении христианского учения о Боге Иоанн не останавливается на исследовании бытия и свойств Божьих, но раскрывает это учение в сравнении с представлениями о Верховном существе в человечестве, возникшими до Откровения. Главным недостатком этих представлений, по мысли Иоанна, было то, что человеческий разум не мог определить образ Верховного существа, философия представляла его существом безличным, хотя бесконечным и совершенным. Христианство дало ясное представление о Боге как о Лице, т.е. о Существе самостоятельном и самодействующем. Тем самым в христианстве становятся более ясными отношения Бога к миру и к человеку, поскольку «с понятием о лице соединяется понятие о лице самосознающем, нравственном, имеющем разумное влияние на человека и мир». «Ничего не может быть, с одной стороны, возвышеннее этих отношений, – говорит Иоанн, – а с другой – и разумнее. Когда откровение представляет человека созданным по образу и подобию этого существа, когда представляет человека, как средоточие видимого творения, когда изображает человека, как особенный предмет любви и попечений этого существа, когда определяет и его обязанности в отношении к Нему, – тогда из всех этих изображений образуется дивная, прекрасная, возвышенная гармония мира физического и нравственного, которую можно найти только в откровении, и которая против себя ничего не имеет и в критике разума человеческого». Учение о Святой Троице Иоанн раскрывает как на основании умозрительных представлений о Существе бесконечном, разумном, о Его бесконечных нравственных совершенствах, о Его жизни и блаженстве, так и на основании Откровения (преимущественно новозаветного). В разделе «О Лице Иисуса Христа» Иоанн последовательно разбирает учение Христа в связи с Его Личностью, во многом отталкиваясь от полемики с книгой Эрнеста Ренана «Жизнь Иисуса». Такой способ изложения христианского учения был отчасти вызван критикой Иоанном принятого в духовных школах «метода отдельного изучения догматического учения христианства». По его мнению, учение Христа не следует изучать «в разъединении с Его личностью», поскольку «при таком методе мы не видим живого образа Спасителя», «изучение становится скучным; изучающему представляются недоумения и сомнения, и неудивительно, если вместо убеждения в божественности христианского учения он впадает в колеблемость относительно его». Во второй части сборника «Богословские академические чтения» опубликованы лекции по деятельному (нравственному) богословию, которые представляют собой записи Иоанна, сделанные в первый период преподавательской деятельности в Московской духовной академии (начало 1840 гг.).