Однако эта работа осталась неизданной. Отчасти продолжение «Опыта...» восполняют многочисленные статьи Иоанна на церковно-канонические темы, напечатанные в журналах «Православный собеседник» и «Христианское чтение» в 1857–1865 гг., в том числе «Особенные преимущества православной кафолической Церкви», «Устройство церковной иерархии», «Управление Вселенской Христовой Церкви», «Основания поместного управления православных церквей», «О способах обращения иноверцев к православной вере», «Охранение православной веры в отечестве», «Основания церковного суда», «Устройство богослужения в отечественной Церкви», «Обозрение древних форм поместного церковного управления», обзор церковных постановлений о крещении и миропомазании, о причащении и покаянии, о священстве и браке, «Древние правила церковного суда», «Об основных началах русского церковного права», «Действие греческого Номоканона в древней России по церковно-судебным делам», «Церковное запрещение и разрешение», «О церковном законодательстве», «Церковный суд внешний или общественный», «Церковь и государство». Из других сочинений Иоанна на канонические темы исследователям известны: «Нечто о современных отношениях римской Церкви к восточной православной» (1858 г.; критическая статья о книге А. Востокова (псевдоним Анатолия (Мартыновского), архиепископа Могилёвского и Мстиславского) «Об отношениях римской Церкви к другим христианским Церквам и ко всему человеческому роду». СПб., 1857 г.), предисловие к переводу статьи Матфея Властаря о времени празднования Пасхи (1859 г.), «О Вселенских Соборах вообще» (1860 г.; предисловие к переводу Деяний Вселенских Соборов), «Стоглавный Собор» (1860 г.; шесть статей, написанных для магистерской диссертации), «По вопросу о соединении англиканской Церкви с восточною, православною» (1866 г.). Работа «О монашестве епископов», впервые напечатанная в «Православном собеседнике» (1863 г.) и впоследствии неоднократно переиздававшаяся отдельно, была ответом Иоанна на обсуждавшийся в то время вопрос о поставлении в епископы лиц, находящихся в супружестве. Она была вызвана появившейся в газете «День» (1862 г.) статьёй, в которой предлагалось допустить к архиерейскому служению лиц, состоящих в браке. По поручению обер-прокурора Святейшего Синода Алексея Петровича Ахматова опровержение этой статьи написал протоиерей Александр Васильевич Горский, который, однако, привёл аргументацию, скорее, подтверждавшую, чем опровергавшую доводы газетной статьи. После этого опровержение было написано Иоанном, который на основе тщательного историко-канонического анализа доказывал, что епископы в православной церкви непременно должны быть монахами.