Многие рекомендации Собора были составлены под влиянием сочинений Иоанна (в частности, призыв свидетельствовать веру мученичеством). Одно из постановлений Собора было связано с Иоанном: «Послати до Патриарха Константинопольскаго по благословение, помощь и раду, и на Святую Афонскую гору послати, вызвати и препровадити преподобных мужей россов, межи иными блаженных Киприяна и Иоанна пореклом Вишенского, и прочих тамо обретающихся, в житии и богословии цвитущих». Это последнее прижизненное упоминание Иоанна. В письме инока Манявского скита Леонтия члену Львовского братства Н. Золоторуцкому от 9 сентября 1633 г. Иоанн упоминается как «блаженной памяти великий старец Иоанн Вишенский, святогорец». В этом же письме сообщается, что к тому времени списки сочинений Иоанна были в киевских монастырях, в Вильно, в Могилёве, в Кутеинском в честь Богоявления монастыре, в Манявском скиту. Древнейшая сохранившаяся рукопись произведений Иоанна (Латвийская национальная библиотека) относится к первой половине XVII в. и происходит из Подгорецкого Благовещенского монастыря (ныне село Подгорцы Бродовского района Львовской области), восстановленного в середине XVII в. выходцами из Манявского скита (в 1700 г. перешёл к базилианам). Сохранились 16 текстов, несомненно, принадлежащих перу Иоанна. Все его произведения – это письма на родину, имеющие ярко выраженный публицистический, агитационный и морализаторский характер. Иоанн предполагал, что его послания, обращённые к «православным христианам», должны читаться вслух на «братских» собраниях. Жанры его произведений традиционны для православной учительной литературы: это соборное послание, диалог, полемический трактат, но эти жанры в творчестве Иоанна реализованы не в чистом виде, его сочинения представляют собой их сплав. По мнению исследователей, содержание сочинений Иоанна, в первую очередь, обусловлено его оценкой положения православных в Польско-Литовском государстве, его труды имеют цель защитить гонимое там православие и убедить соотечественников в необходимости любой ценой, даже ценой мученичества, сохранить веру предков. Все затрагиваемые Иоанном темы подчинены задаче апологии православия, для решения которой он использует не теоретические аргументы, но средства публицистики. Его мышление конкретно и основано не на книжном знании, но на непосредственном личном опыте, под теоретическими рассуждениями всегда угадываются конкретные исторические обстоятельства. Понятия, относящиеся к миру духовному, в сочинениях Иоанна имеют соответствия в современном ему мире, отождествляемом с Польско-Литовским государством, религиозная и социально-политическая жизнь которого для писателя является моделью человеческого сообщества.