В этой обители около 1610 г. он написал послания Львовскому братству и Иову (Княгиницкому). Исследователи полагают, что с Иоанном связано появление в библиотеке Зографа каллиграфического Евангелия-тетр 1550 г., переписанного его земляком и, возможно, родственником – Лукой, протопопом вишненским. По сообщению Жития Иова (Княгиницкого), Иов на Афоне стал «другом» Иоанна. Иов жил в монастыре Ватопед; очевидно, Иоанн также провёл какое-то время в этой обители. В Житии Иова дана следующая характеристика Иоанна: «Бяше бо и той зело любя бессловие, и свят бе муж и трудолюбен, якоже от многих слышится». Писатель не стремился к принятию священного сана, считая, что на это нет Божия благословения; об этом свидетельствуют его слова, обращённые к униатам: «Якоже вы, на поповство без воле Божей не хощу». В середине 1590 гг. – около 1604 г. на Афоне Иоанн написал основные сочинения, представляющие собой послания на родину. Большая их часть была объединена в составленный около 1599 – 1601 гг. авторский сборник «Книжка Иоанна мниха, Вишенского, от Святыя Афонскиа горы в напоминание всех православных христиан братствам и всем благочестивым, в Малой России в Короне Полской жителствующим, иноческаго чина общежителем, архимандритом, и священноиноком, и честным монахом, и инокиням всем, сестрам нашим, и прочим тщателем церковным». Главными темами десяти сочинений Иоанна, вошедших в «Книжку...», были апология православной церкви, терпевшей притеснения в Польско-Литовском государстве, убеждение соотечественников в необходимости любой ценой сохранить веру отцов. Судя по всему, сборник был подготовлен Иоанном для Острожской типографии, деятельность которой полемист знал и одобрял. Игорь Петрович Ерёмин высказал предположение, что «Книжка...» была отправлена Иоанном для публикации Львовскому братству. Однако у Иоанна были серьёзные разногласия с львовскими братчиками; кроме того, Львовская братская типография не выпускала книг полемического содержания. «Книжка...» могла быть подготовлена к приезду на Афон близко связанного с князем Константином Острожским игумена Исаакия (Борисковича-Чернчицкого), посетившего Святую Гору между 1600 и 1602 гг. К середине 1590 гг. Иоанн был уже известным православным деятелем, о чём свидетельствует адресованное ему в 1596 г. письмо Александрийского патриарха Мелетия I Пигаса, в котором патриарх убеждал Иоанна вернуться на родину для защиты православия: «Не оставайся в пустыни, живя только для себя одного… Зову всех в боевые ряды сынов Божьих». В письме отразилось хорошее знание патриархом религиозной и социально-политической ситуации на западнорусских землях, определявшейся подготовкой и провозглашением Брестской унии: «Братьям твоим, мучительные заботы которых общи с твоими, грозит в Польше опасность потерять святыни. Православные жители Польши остаются даже беспомощными перед людьми, мыслящими неправо… Нужно и вам поусердствовать для Бога Вседержителя».