Два пространных сочинения Иоанна, написанные после составления «Книжки...», стали ответом на вышедшее в 1590 г. второе издание книги Петра Скарги «Об устройстве и единстве Божией Церкви под управлением одного пастыря и об отступлении греков и русских от этого единства»: «Краткословны ответ Феодула, в Святей Афонстей горе скитствующаго, против безбожнаго, лживаго, потварнаго и настоящаго века погански, а не евангельски мудруючего писания Петра Скарги о реченном ряде и едности Костела Божияго под едным пастырем и о грецком и руском от тое едности отступлению» (1600–1601 гг.) и «Зачапка мудраго латынника з глупым русином» (около 1608 – 1609 гг.).Из сочинения «Зачапка...» исследователям известно, что Львовский епископ Гедеон (Балабан) переслал второе издание трактата П. Скарги Александрийскому патриарху Мелетию Пигасу. Патриарх, не зная польского языка, отослал книгу на Афон с просьбой сообщить, есть ли в ней что-либо важное. Сочинения Иоанна стали ответом на просьбу Александрийского патриарха. Иоанн признавался, что был настолько возмущён, «дивуючися той смертенной потраве латынскаго мудрования», что поспешил сесть за составление опровержения, не дочитав трактат П. Скарги до конца. Находясь в Галичине, Иоанн в 1605 г. написал «Послание к старице Домникии...», фактически адресованное Львовскому братству. Около 1610 г. из Зографского монастыря Иоанн послал в Галичину письма: Львовскому братству и схимонаху Иову (Княгиницкому). Последним по времени известным исследователям произведением Иоанна является «Позорище мысленное...», созданное, как они полагают, около 1615–1616 гг. в ответ на издание в 1614 г. в Львове «Книги о священстве» Иоанна Златоуста. Иоанн считал, что переводчик намеренно исказил некоторые места в сочинениях святителя Иоанна, для того чтобы приписать Иоанну Златоусту осуждение монашеского отшельничества; желая опорочить православное отшельничество, переводчик хотел похвалить католических монахов. По мнению исследователей, Иоанн был неправ, поскольку опубликованный перевод был точным (исследователи полагают, что писатель, живя на Афоне, не выучил греческого языка; для оценки перевода он не обратился к греческому оригиналу, но искал параллельные места в других переведённых на церковнославянский язык творениях Иоанна Златоуста). В сочинении «Зачапка...» названы три несохранившихся произведения Иоанна: «Древо, зовомое разумное, философия, не поганскаго учителя Аристотеля, але православных – Петра и Павла»; «Церковца, в которой о учтивости оное писмом коротко изображенно есть»; «Маленькая песенка церковная, которой зрозумевши богоразумную мысль, от сладости николиже пети не престанеш». Среди главных тем сочинений Иоанна исследователи отмечают тему «диавола-миродержца», которая является сквозной для творчества Иоанна, в мировоззрении которого представления о господстве дьявола над современным миром и о скором пришествии антихриста занимали важное место. В этом исследователи видят влияние на Иоанна широко распространившегося к концу XVI в. в Речи Посполитой среди диссидентов отождествления антихриста с институтом папства (идея зародилась среди протестантов).