О пребывании Иоанна в Львове упоминается также в одном из отчётов Львовского братства за 1605 г., где говорится, что в этом году братство выделило Иоанну материальную помощь. Затем Иоанн посетил два монастыря Львовско-Галицкой епархии, где стараниями схимонаха Иова (Княгиницкого) на рубеже XVI и XVII вв. начался переход к афонскому общежительному уставу: Уневский Успенский монастырь, настоятелем которого в то время был архимандрит Исаия (Балабан), и Угорницкий Михайловский скит (в селе Угорники; современный Коломыйский район Ивано-Франковской области), основанный Иовом (Княгиницким). Приезд Иоанна был связан с введением в обителях афонского устава, который в Уневском монастыре, как сообщается в Житии Иова, не утвердился из-за сопротивления части братии. Схимонах Иов и Иоанн решили покинуть Угорницкий скит, «жесточайшего безмолвия желающе». Сначала они обосновались в разных местах. Иов выбрал «дальнюю пустыньку» в горах, где в реку Манявку впадает речка Батерс (Скитец близ современного села Манява Богородчанского района Ивано-Франковской области). Вскоре вместе с Иовом поселились Иоанн и племянник Иова Дмитрий, для которого Иоанн был духовным наставником. Иоанн оставался в скиту «время немало» (по мнению И.П. Ерёмина, несколько месяцев на рубеже 1605 и 1606 гг.), затем уехал на Афон и просил Иова не покидать это место. В Житии Иова приведены слова Иоанна о том, что здешние горы и «пустынька» являются наиболее подходящим местом для ищущих душевного спасения. Исследователи полагают, что друзья состояли в переписке. Около 1610 г. или позже Иоанн написал схимонаху Иову письмо, очевидно, в ответ на несохранившееся послание Иова, в котором сообщал о своём желании вновь посетить его скит и о том, что вынужден был отложить поездку из-за плохого здоровья и других обстоятельств. Последнее известное произведение Иоанна – «Позорище мысленное» создано на Афоне около 1615–1616 гг.; Иоанн пишет о том, что он живёт в пещере. Упоминание Иоанна содержится в рукописном «Златоусте», посланном в Галичину «от Святой горы чрез Вишенского Иоанна»; в 1617 г. сборник принадлежал иеромонаху Павлу (Домжив-Лютковичу). В 1610 гг. Иоанн послал с Афона западнорусский список Торжественника в двух томах (Российская государственная библиотека). В 1621 г. по благословению Киевского митрополита Иова (Борецкого) в Луцке прошёл Собор православного духовенства и дворянства Волынского воеводства. Ряд его решений был направлен на сохранение и распространение «в русском народе веры и догматов Восточной Церкви». Сборник решений Собора получил название «Советование о благочестии». Его составителями могли быть члены Луцкого Крестовоздвиженского православного братства, основанного в 1617 г. при участии иеромонаха Павла (Домжив-Лютковича); документ был обнаружен в архиве братства.