Язык текстов Иоанна Петрици в значительной степени зависит от языка оригинала, что Н. Меликишвили называет «субординированным билингвизмом», когда грамматическая структура грузинского языка полностью заменена аналогичными элементами языка оригинала (изменение управления грузинского глагола, частое использование постпозиции, применение глагольных суффиксов для выражения абстрактных понятий, активное использование предлогов). В синтаксическом отношении для Иоанна Петрици характерно объяснение одного понятия двумя однозначными словами. По мнению Н.Я. Марра, Иоанн Петрици считал, что грузинский язык – «орудие, которое должно быть достойно излагаемой на нём философии». Иоанн Петрици писал: «У нас привыкли красочно переводить лёгкие и обычные произведения, но при переводе трудных умозрительных и философских сочинений я считаю себя обязанным применять всяческую простоту и следовать особенностям языка, до тех пор пока от чрезмерного упрощения не нарушается строй языка и не наносится ущерб умозрению». Однако он не заимствовал греческие и латинские слова для передачи терминов, использовал словарный запас группы восточно-кавказских языков. В «Комментарии» много рассуждений Иоанна Петрици о языке, в основном, с точки зрения гносеологии. Повествуя о непонимании, с которым он столкнулся после возвращения на родину, Иоанн Петрици И. П. замечает: «Если бы мне было оказано сочувствие... и помощь, я устоял бы перед судьбами..., я бы и язык (грузинский) отделал бы подобно (греческому) языку и теорию философского умозрения выработал, подобно Аристотелю». Основной трудностью при изучении оригинальных философских и богословских взглядов Иоанна Петрици для исследователей стало выявление степени зависимости его произведений от неоплатонической философской системы Прокла Диадоха, с одной стороны, и от христианского богословия – с другой. Прокл для Иоанна Петрици – наиболее значительный философ античного времени, превосходящий Платона; Иоанн Петрици относит его к группе античных богословов, куда включает также Орфея, Пифагора и его учителя Аглаофама, элеатов, Платона, Плотина, Порфирия, Ямвлиха, Асклепия, в отличие от Аристотеля и стоиков. Особенное отношение Иоанна Петрици к «удивительному Проклу» подтверждает его принадлежность к окружению Михаила Псёлла и Иоанна Итала. По мнению Алексидзе, Иоанн Петрици воспринимал Прокла непосредственно, а не через призму взглядов Михаила Псёлла. Исследователи, придерживающиеся гипотезы Э. Челидзе о том, что Иоанн Петрици жил в конце XII – начале XIII в., рассматривают его «Комментарий» как своего рода ответ на «Разъяснение» Мефонского епископа Николая. В произведениях Иоанна Петрици нет систематически изложенного богословского учения, однако исследование его творчества позволяет исследователям выявить картину его философского мировоззрения.