По мнению Иоанна Петрици, учение Прокла не противоречит христианскому учению о Святой Троице и может быть интегрировано в христианское богословие. В послесловии «Комментария» Иоанн Петрици замечает, что всё в мире подчинено принципу троичности, и приводит примеры из арифметики, геометрии, музыки, физики, военного искусства, а также из Псалтири (пророка Давида он сравнивает с Орфеем). Все философы, по его мнению, согласны в одном: Бог (Первоединое, Благо) есть начало всего; зло не имеет сущности; Благо не желает быть замкнутым в себе, исходит из себя, распространяется вовне, делает иное (чувственный мир) причастным себе. Как и Иоанн Итал, Иоанн Петрици использует внутренние критерии оценки произведений комментируемого автора – обращается к другим трудам Прокла для разъяснения «Первооснов». Различные уровни бытия системы Прокла, восходящие к Первоединому, рассматриваются им через учение Прокла как имеющие самостоятельное бытие, как «ипостаси». В этом ещё одна особенность «буквалистского» подхода Иоанна Петрици и отличие его метода от метода Николая Мефонского, для которого эти уровни – лишь отношения, не имеющие онтологической самостоятельности. Иоанн Петрици убеждён, что учение Прокла об эманации не связано с политеизмом, противоположное мнение он считает невежественным. Основная часть рассуждений Иоанна Петрици посвящена Единому и соотношению Единого и множественности, все метафизические темы он рассматривает с помощью физических, математических, логических и музыкальных аналогий, неспособных полностью выразить умопостигаемые вещи. Иоанн Петрици подвергает критике методы перипатетиков и стоиков, использующих эмпирический подход. Он ни разу не ссылается на текст корпуса «Ареопагитики», который Николай Мефонский, излагая учение об апофатическом и о катафатическом богословии, иногда сопоставляет с текстом Прокла. Для Иоанна Петрици, как и для Прокла, Единое может быть охарактеризовано только апофатически. Изложенную Иоанном Петрици систему неоплатонизма исследователи не могут назвать оригинальной. По мнению Л. Гигинеишвили, «Комментарий» Иоанна Петрици во многом повторяет учение Прокла и даже представляет собой контаминацию его неоплатонической терминологии, во многих случаях можно определить, на какие труды Прокла ссылается Иоанн Петрици. Основная мысль философа передаётся адекватно, но допускаются некоторые терминологические неточности.