Исследователям известны несколько настоятелей Иверского монастыря этого периода: Евгений (первая четверть XII в.), Иосиф (приблизительно 1108 г.), Иоанн III (Калакала; до середины XII в.), Михаил (середина XII в.), Иоанн IV (третья четверть XII в.), Василий (третья четверть XII в.), Георгий V (1169 г.), Павел (март 1170 г. – 1183/1184 г.), Георгий VI (1183/1184 г.), Макарий (конце XII в.), но о них сохранились весьма скудные сведения. Иоанн III (Калакала) дал указание экклисиарху Иоанну (Таплаисдзе) собрать разрозненные записи «Книги агап» и переписать их «по порядку», в соответствии с церковным календарём. Были оставлены свободные места, иногда целые страницы, для внесения записей, которыми впоследствии пополнялась «Книга агап», первую редакцию которой в 1074 г., во время настоятельства Георгия Олтисари, составил Микаел Дагалисонели. В поминальной записи «Книги агап» есть обширные сведения о настоятеле Иверского монастыря Павле, который восемь месяцев собирал пожертвования в Константинополе и смог выплатить все долги, а также получил грамоты, закрепившие владения монастыря. Во время его игуменства была воздвигнута и расписана церковь Пресвятой Богородицы Портаитиссы, выстроены большая башня в Иверском монастыре и келлии в Карее, увеличена ограда Иверского монастыря, приобретён монастырь Каниск, в Волве основано подворье и выстроены церковь и двухколёсная мельница, проведены хозяйственные работы во владениях Иверского монастыря: в Радоливе, Довровикии, Мелитзиане, Волве, на подворье св. Варвары в Писоне на полуострове Халкидики, в Каламокопии близ Фессалоники, в Фессалонике и др. В описи Иверского монастыря 1183/1184 г. отражено хорошее состояние обители, которая владела значительным движимым и недвижимым имуществом. Преемником Павла стал эконом Георгий VI; в поминальной записи описан процесс его выборов: уходящий настоятель назвал кандидата, «собрание всего братства» утвердило его. В 1197 г. на Афон прибыли сербский король Стефан Неманя (св. Симеон) и его сын, будущий святитель Савва I, в том числе они побывали в Иверском монастыре и «сделали пожертвования монастырю», а также дали по золоту «каждому брату». Одним из последствий четвёртого Крестового похода 1204 г. стало основание Фессалоникийского королевства, возглавленного одним из руководителей похода – королём Фессалоники Бонифацием Монферратским, а также появление латинян на Афоне. Исследователи не исключают, что латиняне появились в Иверском монастыре сразу после 1204 г.: это объяснило бы присутствие в маргиналиях неполно сохранившейся греческой рукописи «Повесть о Варлааме и Иоасафе», её частичного перевода на французский язык в начале XIII в. Грузинская часть общины пыталась поддержкой Рима укрепить своё положение.