Доставленные на Собор жидовствующие были осуждены и посланы для наказания в Великий Новгород, но об осуждении Ф. Курицына и связанных с ним еретиков, на котором настаивал архиепископ Геннадий, речи не было; Новгородскому архиерею был запрещён въезд в Москву, на обедневший дом Святой Софии была возложена треть расходов по строительству Новгородского кремля. Отношение Ивана III Васильевича к церковному землевладению на протяжении его правления изменялось. В отличие от своего отца Иван III Васильевич был скуп на земельные пожалования духовным учреждениям. Он неоднократно нарушал установленные нормы, отказывался передавать в монастыри земли, завещанные князьями – его родственниками. Так, в 1481 г. его брат Андрей завещал передать Троице-Сергиеву монастырю сорок волостных деревень на реке Сяме, но земли эти в монастырь не попали. Принимались и отдельные меры, направленные на ограничение роста церковного землевладения. В грамоте ярославскому в честь Преображения Господня монастырю, выданной после присоединения Ярославского княжества, обители предписывалось приобретать земли после доклада великому князю. С конца 1480 гг. источники позволяют исследователям говорить о применении комплекса мер, характеризующих политику Ивана III Васильевича по отношению к церкви. 19 ноября 1490 г. датируется жалованная грамота великого князя Пермскому епископу Филофею на владения Пермской кафедры. В грамоте читается длинный перечень земель, озёр и рек, которые, по утверждению Ивана III Васильевича, Филофей и его предшественники отобрали «у волостных людей», эти угодья предписывалось вернуть местным волостям. В ряде случаев речь шла о землях, данных вкладом за совершение заупокойных служб, в грамоте предписывалось местным властям дать вместо вклада деньги, а земли вернуть волости. В последнем разделе документа содержится запрет жителям Вычегодской земли давать вкладом или продавать земли духовным учреждениям. Грамоту подписал дьяк Ф. Курицын. Пермскому епископу удалось добиться компенсации за утраченные земли и доходы. В феврале 1492 г. «повелением великого князя» митрополит и Новгородский архиепископ передали Пермской кафедре находившиеся в их юрисдикции храмы на Вологде, но эта компенсация была предоставлена за счёт доходов других архиереев. Исследователи полагают, что к тому же времени относится жалованная грамота Ивана III Васильевича Новгородскому архиепископу Геннадию, упоминание о которой сохранилось в описи царского архива XVI в., – «грамота жалованная Генадью архиепископу на села и на дворы, да в той же грамоте, что ему земель не купити». В соборном приговоре от мая 1551 г. содержатся упоминания об уложении Ивана III Васильевича и Василия III, по которому предписывалось, чтобы «во Твери, в Микулине, в Торжку, в Оболенску, на Белоозере, на Рязани... вотчин... по душам в монастыри без докладу не давали».