24 августа 1481 г. митрополит, взяв ризницу, уехал в Симонов Новый московский в честь Успения Пресвятой Богородицы монастырь, оставив в Успенском соборе первосвятительский посох. Когда выяснилось, что большая часть духовенства стоит на стороне главы церкви, великий князь послал своего сына Ивана Молодого, чтобы тот просил митрополита вернуться на кафедру. Затем Иван III Васильевич посетил митрополита в монастыре и повторил просьбу, «а сам во всём виноват створися» и предоставил митрополиту право освящать храмы, как тот считает нужным. Последующие события говорят о том, что Иван III Васильевич старался избегать конфликтов с первоиерархом. Когда у митрополита Геронтия произошло столкновение с архимандритом Геннадием, и тот нашёл убежище у великого князя, митрополит направился к Ивану III Васильевичу, и правитель был вынужден выдать виновного (Полное собрание русских летописей). Лишь позднее великому князю с боярами удалось «выпечаловать» архимандрита Геннадия у митрополита. В 1484 г. митрополит Геронтий снова уехал в Симонов монастырь, взяв с собой ризницу и посох, т.к. был болен, но, когда он, выздоровев, захотел вернуться на кафедру, Иван III Васильевич «не восхоте его» и послал к нему игумена Паисия с предложением оставить митрополию, от чего Геронтий отказался. В дальнейшем, как полагают исследователи, имели место какие-то тяжёлые для первоиерарха столкновения с правителем. Сочувствующий Геронтию летописец отмечает, что митрополит «многажды убегал» из Симонова монастыря, куда его, по-видимому, силой, возвращали. Иван III Васильевич хотел видеть на митрополичьей кафедре Паисия, но тот не дал согласия, и 1 ноября 1484 г. великий князь вернул Геронтия на митрополичий стол. По мнению исследователей, Иван III Васильевич полагал, что после пережитых неприятностей старый и больной митрополит не станет противодействовать его намерениям. 12 декабря 1484 г. на Новгородскую кафедру, вторую по статусу в митрополии, был поставлен близкий к Ивану III Васильевичу чудовский архимандрит Геннадий. К середине 1480 гг. Ивана III Васильевича уже не окружали люди, ранее влиявшие на его политику по отношению к церкви. Игумен Паисий, отказавшись от настоятельства в Троице-Сергиевом монастыре, уехал на север, в заволжские обители, где сблизился с Нилом Сорским. Отношения великого князя с Новгородским архиепископом Геннадием скоро испортились. Ростовский архиепископ Иоасаф к концу 1480 гг. оставил кафедру из-за какого-то столкновения с Иваном III Васильевичем и отказывался приезжать к нему по его вызову. В 1480 гг. исследователи указывают одного иерарха, который пользовался расположением Ивана III Васильевича, – это Пермский епископ Филофей.