В Москве прилагали усилия, прежде всего, к тому, чтобы удержать в границах Московской митрополии Великий Новгород. В 1463 г. в Москве великий князь и митрополит вели с Новгородским архиепископом Ионой переговоры о «церковном соединении», и позднее Иван III Васильевич призывал Новгородского архиепископа придерживаться этой договорённости. С указанными событиями было связано подтверждение Иваном III Васильевичем пожалований великого князя Василия II Отней пустыни – любимой обители архиепископа Ионы. Положение стало особенно тревожным, когда в середине 1460 гг. были приняты меры по возвращению Западнорусской митрополии в юрисдикцию Константинополя (в 1458 г. в Риме на Киевскую митрополичью кафедру был поставлен униат Григорий). Когда это произошло, Константинопольский патриарх Дионисий I в феврале 1467 г. обратился к православному населению Восточной Европы с посланием, в котором объявил Киевского митрополита Григория единственным законным, признанным Константинополем митрополитом и предлагал всем русским землям подчиниться его власти. Предполагалась совместная поездка послов патриарха и митрополита Григория в Москву, чтобы добиться выполнения этого решения. Тогда Иван III Васильевич и митрополит Филипп приняли решение не впускать этих послов в Россию, и Иван III Васильевич призвал Новгородского архиепископа Иону последовать этому примеру. Жертвой обозначившегося противостояния с Константинополем стал поставленный на Киевскую митрополичью кафедру тверитянин Спиридон. Когда, вступив в конфликт с королём Казимиром, Спиридон бежал в Россию, он был заточён в Ферапонтов Белозерский в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастырь. В этом случае церковная и светская власти в России также действовали совместно. Митрополит Филипп в 1469 г. благословил великого князя идти в поход на Казань и через Тверского епископа добивался, чтобы князь Михаил Борисович выслал войска для участия в походе. Когда в начале 1470 гг. новгородское боярство предприняло попытку перейти под власть Литвы, митрополит Филипп поддержал Ивана III Васильевича. Первоиерарх неоднократно направлял посольства в Великий Новгород, добиваясь возвращения новгородцев под власть великого князя, а затем вместе с другими епископами благословил поход Ивана III Васильевича на Великий Новгород. В созданном в митрополичьей канцелярии Ивана III Васильевича сочинении «Словеса избранные» действия новгородцев сурово осуждались, а победа Ивана III Васильевича связывалась с покровительством высших сил московскому войску. Различные источники говорят о совместных действиях великого князя, митрополита и епископов при строительстве и освящении нового здания Успенского собора в Москве в 1472 г.