Старший сын великого князя Иван Молодой не позднее 1471 г. был провозглашён соправителем отца. В браке с дочерью молдавского господаря Стефана Еленой у Ивана Ивановича в 1483 г. родился сын Дмитрий Иванович. В 1472 г. Иван III Васильевич вступил во второй брак с Софьей (Зоей) Палеолог, племянницей последнего византийского императора Константина XI Палеолога. В этом браке родились несколько сыновей и дочерей, старшим из детей был Василий III Иванович (род. в 1479 г.). Иван Молодой скончался в 1490 г. После его смерти Василий стал правителем Тверской земли, но не получил великокняжеского титула и не был объявлен соправителем отца. В 1497 г. князь Василий был обвинён в организации заговора, в намерении «отъехать» от отца и арестован; были казнены его сторонники из детей боярских. В 1498 г. Иван III Васильевич объявил своим соправителем внука Дмитрия, и тот был коронован по византийскому обряду коронации соправителя. Однако в марте 1499 г. Василий был провозглашён «государем великим князем» Великого Новгорода и Пскова, а Дмитрий перестал участвовать в управлении страной. В апреле 1502 г. Дмитрий и его мать Елена попали в опалу и были заключены в тюрьму, а Василий стал соправителем отца – «великим князем всея Руси». В 1504 г. Иван III Васильевич составил завещание (духовную грамоту), по которому Василию отходили Великое княжество Владимирское, Великий Новгород и Псков, Тверская земля, верховские княжества и многие другие земли, младшим сыновьям (Юрию, Дмитрию, Семёну, Андрею) выделялись небольшие уделы, состоявшие из земель, расположенных в разных областях государства. 16 июня 1504 г. «по благословению и повелению» Ивана III Васильевича было составлено соглашение между великим князем Василием и старшим из его братьев Юрием. Удельный князь признал права Василия на все выделенные тому владения и будущие «примыслы», обязался «Орды не знати» и ходить в походы по приказу старшего брата «без ослушанья». Незадолго до кончины, 4 сентября 1505 г., Иван III Васильевич присутствовал на свадьбе великого князя Василия. Иван III Васильевич был погребён в Архангельском соборе Московского Кремля. В начале правления Ивана III Васильевича отношения великого князя с православным духовенством Московской митрополии, прежде всего, с архиереями, были достаточно тесными. На епископских кафедрах находились люди, которые способствовали победе великого князя в феодальной войне, например, Ростовский архиепископ Трифон, в своё время разрешивший Василия II от клятв, данных Дмитрию Шемяке. Светскую и церковную власти объединяла также необходимость противодействовать церковной политике короля и великого князя Казимира, который стремился к увеличению территории Западнорусской митрополии, за чем последовало бы и расширение политического влияния Великого княжества Литовского.