В великокняжеском летописании отмечено, что Иван III Васильевич при этом раздал милостыню «на вся соборы и на весь град» и множество духовных лиц «едиша и пиша» за его столом и на его дворе (Полное собрание русских летописей). Когда в том же году вместе с невестой великого князя Софьей Палеолог приехал папский легат Антонио Бонумбре, перед ним несли католический крест («крыж»); узнав резко отрицательное мнение митрополита об этом, Иван III Васильевич приказал крест убрать. Добрые отношения между великим князем и митрополитом Филиппом сохранялись и позднее. Великокняжеская летопись приводит слова правителя, обращённые к митрополиту после пожара в Москве 1473 г.: «Отче господине, не скорби... А что двор твои погорел, аз ти, колико хочешь, хором дам, или кои запас погорел, то все у меня емли». Преемником скончавшегося 5 апреля 1473 г. Филиппа стал Коломенский епископ Геронтий, один из тех деятелей церкви, которые поддерживали великокняжескую власть на последнем этапе феодальной войны. Перед походом на Великий Новгород в 1477 г. Иван III Васильевич получил благословение митрополита и епископов, а сам «по своей отчине, великому княженью, разосла милостыню по соборным церквам, и монастырем, и по всем церквам» (Полное собрание русских летописей). При присоединении Новгородской земли Иван III Васильевич отобрал десять волостей у Новгородского архиепископа, половину владений у Юрьева монастыря и у пяти кончанских монастырей Великого Новгорода. Конец 1470 гг. стал важной гранью в истории отношений Ивана III Васильевича и церкви. К этому времени относятся первые столкновения великого князя с митрополитом Геронтием. Так, в конце 1470 гг. Иван III Васильевич вмешался в спор относительно юрисдикции над Кирилловом Белозерским в честь Успения Пресвятой Богородицы мужским монастырём между Ростовским архиепископом Вассианом (Рыло), который настаивал на своём праве судить игумена и братию и собирать в свою пользу церковные пошлины, и местным князем Михаилом Андреевичем, патроном монастыря, утверждавшим, что предшественники архиепископа Вассиана таким правом не обладали. Митрополит Геронтий решил спор в пользу князя. Тогда архиепископ обратился к Ивану III Васильевичу. По свидетельству Ростовского владычного свода, «князь же великыи посла взять грамоту митрополичу у князя Михаила, и повеле Собору быти... на Москве, и дасть суд архиепископу на митрополита» (Полное собрание русских летописей). Геронтий уступил, выданная грамота была уничтожена, и над Кирилловым Белозерским монастырём была установлена власть Ростовского архиепископа «во всём». После присоединения Великого Новгорода не нуждавшийся так сильно, как раньше, в поддержке высшей церковной власти Иван III Васильевич использовал возникший конфликт для усиления своего влияния на церковь, для того чтобы стать верховным арбитром при решении спорных вопросов церковной жизни.