Другим важным фактором распространения христианства была связь иезуитов с португальскими торговцами. Португальские корабли, доставлявшие в Японию огнестрельное оружие (мушкеты, пушки) и китайский шёлк, заходили только в те порты, где была разрешена проповедь христианства. Иезуиты часто служили переводчиками и посредниками в торговле. Сформулированная к этому времени иезуитами идея культурной адаптации христианства к развитым азиатским цивилизациям активно использовалась. Однако сначала попытки сделать христианское учение доступным оказались неудачными. Так, перевод катехизиса Франциска Ксаверия на японский язык, выполненный Андзиро, изобиловал буддийской терминологией. Понятие «Бог» передавалось термином «дайнити» (Будда Махавайрочана, космический Будда, олицетворение сияния), что не только искажало сущность христианского учения о Боге, но и приводило к неправильному восприятию христианства буддистами, видевшими в нём одно из ответвлений своей религии. Впоследствии от использования буддийской терминологии пришлось отказаться; на смену «дайнити» пришла транскрипция латинского слова «Deus». Более удачной была новая трактовка традиционного японского праздника поминовения усопших О-бон, который был замещён днём поминовения всех усопших верных (Commemoratio omnium fidelium defunctorum). Наиболее полно идея культурной адаптации была выражена в трактате итальянского иезуита Алессандро Валиньяно «Церемониал для миссионера в Японии» (1581 г.), согласно которому миссионеры в Японии должны руководствоваться такими принципами, как христианизация «сверху», сохранение политического нейтралитета, принятие местного образа жизни и этикета, воспитание японского духовенства. Говоря о способах сблизить католических проповедников с японской традиционной культурой, автор предлагал уподобить орденскую иерархию иезуитов существовавшему порядку в школе Риндзай дзэн-буддизма. Однако, иезуиты, проявляя почтение к традиционной японской культуре, создали себе репутацию врагов нехристианских религий. Разрушение буддийских статуй и сожжение культовых книг входило в практику иезуитской миссии, особенно на раннем этапе. В 1587 г. разрушение буддийских храмов стало одним из главных обвинений против иезуитов. В 1560 гг. произошло объединение Японии под властью Ода Нобунага. В 1573 г. он низложил последнего сёгуна (военного правителя) династии Асикага, ликвидировав сёгунат Муромати. Натянутые отношения Ода с буддийским духовенством способствовали его сближению с иезуитами (не последнюю роль в этом сыграла его заинтересованность в импорте огнестрельного оружия). В 1575 г. на Японских островах было 12 резиденций ордена, из которых девять располагалось в портах острова Кюсю и три – в районе Кинай (вокруг Киото и Осаки).