В июле 1583 г. пять членов ордена, в том числе глава иезуитской миссии в Солсетте Родольфо Аквавива, прибывшие в Кунколим, чтобы выбрать место для новой церкви, были убиты толпой, их тела были выброшены в колодец (в 1893 г. беатифицированы папой Львом XIII). Иезуиты предприняли попытку распространить христианство во владениях мусульманской империи Великих Моголов. Император Акбар Великий (1556–1605 гг.), вынашивавший идею своеобразного религиозного синтеза ислама, индуизма и христианства, трижды (в 1580, 1591 и 1595–1605 гг.) приглашал к своему двору иезуитов, вёл с ними продолжительные беседы в рамках межрелигиозных диспутов. Несмотря на то, что иезуиты получали возможность свободно проповедовать, значительных успехов в распространении христианской веры они не достигли. Проповедь христианства во владениях Великих Моголов была запрещена императором Аурагзебом (1658–1707 гг.). Хотя сначала иезуиты рассматривали соблюдение новообращёнными прежних обычаев как угрозу чистоте христианской религии (в 1545 г. Ксаверий обращался к португальскому королю Жуану III с просьбой учредить в Гоа инквизицию; учреждена в 1560 г.), впоследствии для успеха проповеди они сами старались приспособиться к местным обычаям и верованиям, допуская сочетание элементов местных культов и христианства. Итальянский иезуит Роберто де Нобили, прибывший в 1605 г. в г. Мадура (ныне Мадурай, штат Тамилнад), стал использовать новые методы миссионерской деятельности (инкультурации). Столкнувшись с сопротивлением членов высших каст, которые дистанцировались от европейских миссионеров, не соблюдавших местных ритуальных обычаев, Роберто де Нобили принял решение стать членом индийского кастового общества. Представляясь странствующим брахманом (жрецом, членом высшей индийской касты), иезуит брил голову, носил жёлтую одежду и соблюдал некоторые кастовые обычаи. Выучив тамильский язык и санскрит, ознакомившись с индуистскими священными книгами, которые он активно использовал в миссионерской деятельности, Роберто де Нобили составил для индусов 21 сочинение катехизаторского характера (на санскрите, телугу и тамильском языке), в которых выражал христианские идеи терминами, понятными индуистам. Роберто де Нобили придавал основополагающее значение христианской проповеди среди брахманов, которые пользовались высшим авторитетом. По преданию, ему удалось обратить в христианство около 100 тыс. человек, для неофитов он построил церковь по образцу индуистских храмов. Роберто де Нобили разрешил принявшим крещение брахманам соблюдать некоторые индуистские ритуалы и сочетать кастовые одеяния с христианской символикой. Его методы вызвали неприятие со стороны другого миссионера, португальского иезуита Гонсалу Фернандиша, которому не удалось достичь особых успехов традиционными методами христианской проповеди.