На этих территориях серией папских булл: «Romanus Pontifex» (1455 г.), «Inter Caetera» (1456 г.), «Universalis Ecclesiae» (1508 г.) в делах церкви был установлен «королевский патронат» (португ. «Padroado Real») – папы доверили испанским и португальским монархам руководство всеми церковными институтами, которые будут основаны на новых территориях. Короли получили право назначать епископов, руководителей миссий и проч., распоряжаться церковными бенефициями, имея цель способствовать распространению в своих владениях христианства, оформлению католических церковных структур и строительству церквей. В Индии начало миссионерской деятельности Общества Иисуса связано с именем католического святого Франциска Ксаверия. В 1541 г. король Португалии Жуан III, обеспокоенный трудностями в деле христианизации восточных колоний, обратился к Игнатию Лойоле с просьбой выслать несколько миссионеров в Восточную Индию. Франциск Ксаверий получил папскую грамоту с назначением его апостольским нунцием в землях, находившихся во владении короля Португалии и простиравшихся от мыса Доброй Надежды до Дальнего Востока. В мае 1542 г. Ксаверий с четырьмя сподвижниками прибыли в Гоа (кафедра первого католического епископства в Юго-Восточной Азии с 1533 г.). Там они основали иезуитскую миссию и, проповедуя по составленному ими краткому катехизису, за несколько лет (1542–1544 гг.) крестили тысячи человек. На эти годы приходится проповедническая деятельность Франциска Ксаверия среди «ловцов жемчуга», рыбацких племён на юго-востоке Индии, массово крещённых в 1536 г. францисканцами, первыми прибывшими в этот регион с христианской миссией. Ксаверий возглавил созданную в 1541 г. для подготовки католических священников коллегию Святой Веры и св. Павла, где обучались мальчики азиатского и африканского происхождения (в 1549 г. окончательно передана под руководство иезуитов). Из Гоа миссионер совершал поездки в соседние страны – на Молуккские острова (1545–1547 гг.) и в Японию (1549–1551 гг.). В 1551 г. была создана орденская провинция Восточной Индии с центром в Гоа. Трудами иезуитов были открыты школы в большинстве португальских поселений, издавались книги катехизаторского содержания, в том числе в переводах на тамильский, а позже на другие местные языки. Иезуиты поддерживали благотворительные организации, предоставлявшие помощь и уход немощным и бедным, главным образом, представителям низших каст. Вопрос о том, насколько добровольным было обращение в католичество местного населения португальских колоний, до настоящего времени остаётся спорным. Уничтожение индуистских храмов, на котором настаивали иезуиты, часто приводило к недовольству народа и открытым восстаниям.