Японские острова в соответствии с Тордесильясским (1494 г.) и Сарагосским (1529 г.) соглашениями находились в зоне влияния Португалии, что определило решающую роль иезуитов в христианизации страны. Изначально японская миссия иезуитов управлялась епископом Макао (Аомынь), с 1596 г. – самостоятельным епископом Японии. В 1581 г. была образована иезуитская вице-провинция Япония, которая в 1611 г. получила статус провинции, её провинциалу подчинялись миссионеры в Японии и Китае. Главными источниками сведений о деятельности ордена до 1630 г. служат письма и ежегодные отчёты иезуитов. Важное значение имеют ранние исторические сочинения иезуитов: пятитомная «История Японии» (1583–1596 гг.) Луиша Фройша и «История Церкви в Японии» (1620–1633 гг.) Жуана Родригиша. Первым миссионером в Японии был иезуит Франциск Ксаверий. Во время проповеднической деятельности на Молуккских островах он встретил японца Андзиро (Яндзиро), который сбежал из родной страны, спасаясь от наказания за убийство. Франциск Ксаверий, заинтригованный рассказами Андзиро о своей стране и отчётом капитана Х. Алвариша (одного из первых европейцев, побывавших в Японии), принял решение основать христианскую миссию в стране. 15 августа 1549 г. миссионер, сопровождаемый двумя иезуитами, принявшим христианство Андзиро и несколькими слугами, высадился в японском порту Кагосима (остров Кюсю, провинция Сацума). С помощью Андзиро Франциск Ксаверий составил и перевёл на японский язык католический катехизис. Первые проповеди в Кагосиме представляли собой декламацию отрывков катехизиса на городских улицах (для облегчения чтения была разработана система транскрипции слов японского языка буквами латинского алфавита – ромадзи). Чтобы добиться аудиенции у императора, Франциск Ксаверий отправился на север, читая проповеди в Хирадо (ныне префектура Нагасаки), Ямагути (префектура Ямагути) и Фунай (ныне Оита, префектура Оита). Встречу с императором организовать не удалось, и Ксаверию пришлось уехать в Кагосиму. К 1551 г., когда он вернулся в Гоа, в Японии насчитывалось около 2 тыс. христиан. В 1560 г. там было уже 6 тыс. христиан и девять церквей. К 1580 г. христианство исповедовали около 150 тыс. человек, были построены 200 католических храмов, в стране действовали 85 иезуитов (до 1564 г. их было не более десяти человек). Успех миссии был связан с несколькими факторами. В раздробленной на княжества Японии, лишившись покровительства одного даймё (князя), иезуиты могли продолжить проповедь в соседнем княжестве (как это случилось после свержения первого покровителя иезуитов даймё Оути Ёсинага). Кроме того, вслед за принявшим христианство князем католическую веру принимали его подданные. Так, вместе с даймё Омура Сумитада, крещённым в 1563 г., христианство приняли 35 тыс. его подданных.