В 1945–1947 гг. ректор Russicum де Режис проповедовал и помогал в римском лагере перемещённых лиц из СССР, с 1948 г. вместе с русским иезуитом пресвитером Георгием Коваленко был миссионером среди русских эмигрантов в Южной Америке и основал пастырский институт и русский Центр св. Владимира в Сан-Паулу (Бразилия) и школы-интернаты для русских мальчиков в Ла-Рехе (близ Буэнос-Айреса) и в Иту (Бразилия). 25 декабря 1950 г. генерал ордена Жан Батист Янссенс подчинил всех иезуитов византийско-славянского обряда непосредственно генералу, руководившему ими через специального делегата. После второго Ватиканского собора в связи с развитием католического экуменизма среди иезуитов, изучавших византийский обряд и «русскую духовность», наметились тенденции отхода от прозелитизма среди православных и стремление к диалогу, в том числе в области научных исследований. Многие иезуиты, связанные с Григорианским университетом и Восточным папским институтом, внесли значительный вклад в изучение православия, в том числе истории Русской церкви (Амманн Альберт Мария, Герхард Подскальски), в исследование феномена «русской духовности» (кардинал Томаш Шпидлик), византийской и русской литургики (Михаил Арранц, Роберт Тафт). В рамках развития православно-католических отношений в июле 1971 г. по приглашению РПЦ Москву посетил генерал ордена Педро Аррупе-и-Гондра. Важным направлением деятельности иезуитов стали исследования марксистско-ленинской философии в СССР, начало которым было положено ректором Russicum в 1950–1954 гг. иезуитом пресвитером Густавом Веттером, основавшим в 1970 г. Центр изучения марксизма при Григорианском университете. 30 ноября 1985 г. генерал ордена Петер Ханс Колвенбах упразднил Делегацию византийского обряда в структуре ордена иезуитов, заменив её Делегацией «pro rebus russicis» («по русским делам»), к которой могли принадлежать иезуиты обоих обрядов. В 1991 г. созданную папой Римским Иоанном Павлом II апостольскую администратуру для католиков азиатской части России возглавил иезуит епископ Иосиф Верт. В 1990–1992 гг. координатором деятельности иезуитов в Советском Союзе был ассистент генерала ордена Богуслав Стечек. С распадом СССР вместо Делегации «pro rebus russicis» 21 июня 1992 г. был учреждён Независимый российский регион Общества Иисуса, имеющий резиденции в Москве и Новосибирске. В 1994 г. при общине иезуитов в Новосибирске создан Центр духовного развития «Иниго». С 1997 г. иезуиты руководят колледжем (с 2005 г. – институт) философии, теологии и истории св. Фомы в Москве, который издаёт журналы «Точки» (с 2001 г.) и «Символ» (с 2006 г.) и выпускает книги по истории и теологии в серии «Bibliotheca Ignatiana». Резиденции иезуитов существуют в Павлодаре (Казахстан), Бишкеке (Киргизия), Индуре (Белоруссия). На Украине действуют резиденция ордена во Львове и три прихода, окормляемые иезуитами.