В других странах, в частности, в Испании, Португалии, Франции, дальнейшая история Общества Иисуса представляла собой череду периодических запретов и их отмен. Однако запреты не означали, что иезуиты полностью прекращали свою деятельность в той или иной стране. В Германии и Австрийской империи их влияние возросло после подавления революций 1848 г., в Италии – после одобрения на первом Ватиканском соборе (1869–1870 гг.) пропагандировавшихся многими иезуитами догматов о непорочном зачатии Девы Марии и о непогрешимости папы Римского. В Германии в ходе антикатолической политики «культуркампф» в 1872 г. был принят закон о запрещении и преследовании иезуитов (закон действовал до конца Первой мировой войны). В Швейцарии запрет иезуитов действовал с 1848 по 1973 гг. Наиболее тесные отношения ордена с папством сложились при папе Римском Пие IX, когда в условиях нараставшей либерализации и секуляризации европейской мысли иезуиты стали опорой Папского престола. Члены Общества Иисуса играли важную роль в богословских дискуссиях того времени, способствовали возрождению интереса к философской системе томизама. Иезуиты открыли несколько влиятельных журналов (на основных европейских языках), которые существуют и в настоящее время («Études» во Франции, «La Civiltà Cattolica» в Италии и др.). В ХХ в. из орденской среды вышли многие учёные (наиболее знаменитый – философ пресвитер Пьер Тейяр де Шарден). В начале ХХ в. иезуиты приняли активное участие в дискуссиях о новом историко-критическом издании Библии, связанных с борьбой против «модернистских» тенденций в католической церкви. Эти дискуссии привели к основанию в 1909 г. Папского библейского института в Риме (под руководством иезуитов). Сведения о деятельности иезуитов во время Второй мировой войны противоречивы: с одной стороны, их обвиняли в разжигании антисемитизма, с другой – при нацистском режиме иезуиты подверглись преследованиям, многие члены ордена были заключены в концлагерь Дахау, где содержались духовные лица. Девять членов ордена за содействие спасению евреев были объявлены «праведниками наций», их имена занесены в списки мемориала Яд Вашем. На втором Ватиканском соборе (1962–1965 гг.) представители ордена участвовали в разработке подготовительных «схем», в работе различных комиссий (кардинал Августин Беа, пресвитеры Жан Даниелу, Анри де Любак, Карл Ранер, Джон Кортни Мюррей и др.). В 1950 гг. количество иезуитов возросло и достигло к 1965 г. почти 36 тыс. человек, затем стало снижаться. Орден предпринимал усилия по обновлению принципов деятельности, которые на последних генеральных конгрегациях были сформулированы как «служение вере» и «борьба за социальную справедливость и мир».