В некатолических странах – России и Пруссии, которым при разделе Польши достались населённые католиками территории, распоряжение папы о запрете ордена не было принято к исполнению. Прусский король Фридрих II сохранял в Силезии (до 1776 г.) и в прусской части Польши (до 1780 г.) семь иезуитских коллегий под названием «королевский учебный институт» и основанный иезуитами университет Леопольдина во Вроцлаве. Во многих местах правящие епископы разрешили бывшим иезуитам преподавать, служить на приходах и проживать в бывших домах и коллегиях ордена. С конца 1790 гг. создавались различные общества и конгрегации, которые стремились воссоздать Общество Иисуса под другими наименованиями, используя уставы, во многом повторявшие конституции упразднённого ордена. В 1790 г. бывший иезуит пресвитер Пьер Жозеф Пико де Клоривьер с разрешения Парижского архиепископа Антуана де Жюинье создал Общество священников Сердца Иисуса и принял в него несколько бывших иезуитов, но его деятельности помешала Французская революция 1789–1799 гг. В 1794 г. в Эгенховене (Бельгия) бывшие воспитанники иезуитской коллегии Ф. Турнелли и Ш. де Брой организовали Общество Святейшего Сердца Иисусова, задачей которого было восстановление ордена иезуитов. В 1799 г. около 50 его членов присоединились к Обществу веры в Иисуса (или Обществу отцов веры), которое было основано в 1797 г. в Риме группой мирян во главе с Никколо Пакканари с разрешения кардинала Джулио делла Самалья. Впоследствии большинство членов этих Обществ влились в восстановленный орден иезуитов. Практически сразу после запрета ордена с одобрения пап предпринимались попытки восстановить Общество Иисуса. В 1792 г. Пармский герцог Фердинанд I, изменивший своё отношение к иезуитам, принял решение возобновить работу бывших коллегий иезуитов в герцогстве Пармском. Благодаря тому, что Общество Иисуса фактически продолжало существовать в Российской империи, в 1793 г. по просьбе герцога Фердинанда была организована вице-провинция ордена, подчинявшаяся генеральному викарию иезуитов в Белоруссии. Однако после присоединения Пармы к Франции деятельность иезуитов была ограничена, в 1806 г. они вновь были изгнаны из герцогства. В 1804 г. по инициативе короля Фердинанда IV и с разрешения папы Римского Пия VII были восстановлены провинции иезуитов в Королевстве обеих Сицилий (Неаполь, Палермо), подчинявшиеся генералу ордена иезуитов в России, но в 1806 г. их деятельность была также прервана французской оккупацией. После окончания наполеоновских войн на волне Реставрации 7 августа 1814 г. папа Пий VII буллой «Sollicitudo omnium ecclesiarum» объявил о повсеместном восстановлении Общества Иисуса. К 1841 г. орден насчитывал 3563 человека, а в 1880 гг. – более 10 тыс. Орден получил распространение в США, где иезуиты основали 22 университета.