По его настоянию сведения о деятельности Роберто де Нобили были переданы в Рим для рассмотрения. Римский папа Павел V учредил особый трибунал по делу Роберто де Нобили. В 1610 г. тот представил отчёт о своей деятельности, где доказывал, что его миссионерские методы и кастовая организация христианских общин не противоречат католической вере. Утверждая, что заимствованные им индуистские ритуалы не имеют прямого отношения к религии, Роберто де Нобили привёл свидетельства 108 брахманов. Он также отвергал обвинения в расколе католической миссии. Папа Римский Григорий XV в апостольском послании «Romanae Sedis Antistes» (от 31 января 1623 г.) объявил миссионерские методы Роберто де Нобили не противоречащими учению Римско-католической церкви, указав также на необходимость прививать принявшим крещение индусам чувство христианской любви к членам низших каст в надежде на уничтожение в будущем кастовых ограничений. Воздерживаясь от публичного общения с членами низших каст и с париями, Роберто де Нобили начал практиковать тайную проповедь среди них, так же поступали некоторые его ученики. Он обратил внимание на аскетов – пандаров, которые пользовались меньшим уважением, чем брахманы, однако могли общаться с представителями всех каст. По рекомендации Роберто де Нобили некоторые иезуитские миссионеры вступили в касту брахманов, другие (например, иезуит Хуан де Бритто, прибывший в Индию в 1673 г.) причислили себя к пандарам и проповедовали, в основном, среди представителей низших каст и париев. Проникновение в Индию других католических орденов (ораторианцев, кармелитов и др.), а также попытки римской Конгрегации пропаганды веры (создана в 1622 г.) ограничить здесь португальский «патронат» привели к конфликтной ситуации, результатом которой стал спор о «малабарских ритуалах». По настоянию представителей ордена капуцинов из ставшего в 1674 г. французской колонией Пондишери (Пудуччери) Римский престол пересмотрел своё отношение к практикуемому иезуитами соблюдению некоторых местных обычаев. Посольство, направленное папой Римским Климентом XI в Китай для урегулирования спора о «китайских ритуалах», прибыло в ноябре 1703 г. в Пондишери. Возглавлявший посольство папский легат Шарль Тома Майар де Турнон, титулярный латинский Антиохийский патриарх, указом от 23 июня 1704 г. осудил использовавшиеся иезуитами в Индии методы миссионерской работы, запретил вести образ жизни индуистских жрецов (санньяси) и обязал иезуитов отказаться от соблюдения местных индуистских обычаев (приложение слюны во время крещения, ритуальные омовения, праздники совершеннолетия у девочек и т.д.). Миссионерская деятельность иезуитов среди низших каст и париев также оценивалась негативно, как способствовавшая сохранению кастовой системы. Иезуиты обратились с апелляцией в Рим.