В защиту практикуемых иезуитскими миссионерами методов был опубликован ряд сочинений, в том числе португальского иезуита Франсишку Лайнеса, впоследствии епископа г. Милапор (Южная Индия), «Defenso indicarum missionum Madurensis nempe Maysurensis et Carnatensis» («В защиту от доносов о миссиях в Мадуре, Майсуре и Карнате», 1707 г.), хотя соблюдение местных обычаев католическими миссионерами осуждалось и самими иезуитами. Бретонский иезуит Клод де Видлу, бывший миссионер в Китае, изгнанный оттуда и в 1709 г. прибывший в Пондишери, обращаясь к опыту миссии в Китае, говорил об опасности местных «суеверий» в деле проповеди христианства. В 1712 г. папа Климент XI осудил «малабарские ритуалы», что впоследствии было подтверждено папой Климентом XIII: бреве «Compertum exploratumque» (1734 г.) и бреве «Concredita nobilis» (1739 г.). Спор о «малабарских ритуалах», которые безоговорочно осуждались, был закрыт буллой «Omnium sollicitudinum» папы Бенедикта XIV (1744 г.). В сентябре 1759 г. иезуиты были изгнаны с подчинённых Португалии территорий. В 1764 г. французский король Людовик XV, а в 1767 г. испанский король Карл III также изгнали членов Общества Иисуса из своих владений. После папского упразднения ордена иезуитов (1773 г.), в сентябре 1759 г. 127 иезуитов были арестованы в Гоа. В 1780 г. на территории всей Индии оставалось около 80 членов ордена. После восстановления ордена иезуиты возобновили миссионерскую деятельность в Индии: с 1831 г. в Бенгалии, с 1837 г. в Мадуре (в отличие от «старой» португальской миссии «новая» миссия иезуитов состояла из французов). После попытки папы Римского Григория XVI положить конец системе португальского «королевского патроната» в Индии путём основания в 1834 г. пяти католических викариатств (Мадрасского, Калькуттского, Пондишерского, Мадурского и Агрского) Мадурский викариат возглавил первый епископ города Тричинополи (ныне Тируччираппалли, штат Тамилнад, Южная Индия) иезуит Алексис Каноз, который осуществлял также руководство иезуитской миссией в Мадуре. В 1852 г. Мадурская миссия иезуитов была преобразована в вице-провинцию в составе Тулузской провинции ордена; в 1952 г. получила статус независимой Мадурской провинции. В этом регионе под руководством иезуитов работают учебные заведения: школа и коллегия св. Иосифа в городе Тируччираппалли (основаны в 1844 г.), школа Пресвятой Девы Марии в городе Диндуккал (Диндигал; основана в 1850 г.), школа Пресвятой Девы Марии в городе Мадурай (основана в 1855 г.), школа и коллегия св. Франциска Ксаверия в Палайямкоттай (основаны в 1880 и 1923 гг. соответственно), школа св. Франциска Ксаверия в городе Туттуккуди (Тутикорин; основана в 1884 г.), коллегия Игнатия Лойолы в городе Ченнаи (Мадрас; основана в 1925 г.). В 2000 г. численность иезуитов в Индии составляла 3559 человек.