Экзегетические принципы антиохийской школы заложили основы для современной евангельской герменевтики. К сожалению, один из учеников Феодора, Несторий, стал ересиархом в вопросе о личности Христа, и его связь с антиохийской школой, а также некоторые другие исторические обстоятельства привели, в конечном счёте, к угасанию этого перспективного направления богословской мысли. Во время Средневековья было мало оригинальных идей; большинство исследователей Писания посвящали себя изучению и собиранию работ предшествующих отцов церкви. Толкование было связано рамками традиции, где господствовал аллегорический метод. Поиск четвёрного смысла Писания, предложенный Августином, стал стандартным методом толкования Библии. Считалось, что каждый библейский отрывок имеет четыре смысловых уровня, что нашло отражение в популярном в ту эпоху четверостишии: «Нам буква говорит, что делал Бог и праотцы, А аллегория – где веры нашей спрятаны концы. Мораль даёт устав на каждый день, Аналогия освещает смерти тень». Для иллюстрации такого подхода можно использовать образ города Иерусалима. Буквальный Иерусалим – это реально существующий город, который аллегорически обозначает церковь Христову. В нравственном плане он представляет человеческую душу: и аналогически (эсхатологически) указывает на небесный Иерусалим. В то время общепринятым был принцип, согласно которому толкование библейского текста должно соответствовать традиции и учению церкви. Источником догматического богословия была не сама Библия, но Библия, истолкованная церковным преданием. Несмотря на то, что в экзегетике преобладал метод четвероякого толкования, развивались и другие подходы. На протяжении позднего Средневековья в Европе и Палестине продолжали традицию древнееврейской мистики каббалисты, которые довели метод буквализма до абсурда, считая, что каждая буква (и даже каждая возможная перестановка или замена букв) имеет сверхъестественное значение. Пытаясь проникнуть в Божественные тайны, они использовали следующие методы: замена одного библейского слова другим, имеющим то же цифровое значение; добавления к тексту (рассматривая каждую отдельную букву слова как заглавную букву других слов); вставка в текст новых слов посредством замены некоторых букв в словах оригинала. Однако в некоторых сообществах употреблялся более научный метод толкования. У испанских евреев XII–XV вв. наметился возврат к грамматико-историческому методу толкования. Викторины (учёные парижского аббатства Сен-Виктор) считали, что значение Писания следует искать на пути буквального, а не аллегорического истолкования. Они заявляли, что доктрина должна выводиться путём экзегезы, а не экзегетика должна подчиняться существующему учению церкви. Одним из тех, кто оказал значительное влияние на возврат к буквальному толкованию, был Николай Лирский (около 1270 – около 1340 гг.). Хотя он и соглашался, что Писание имеет четыре смысла, но отдавал явное предпочтение буквальному пониманию и настаивал на том, что другие уровни понимания должны прочно основываться на буквальном смысле, жаловался, что иные смыслы часто заглушают буквальный, и утверждал, что только буквальное понимание следует использовать в качестве основания для доктринальных выводов. Труды Николая Лирского в значительной мере повлияли на Мартина Лютера (1483–1546 гг.), и многие считают, что без этого влияния Лютер не зажёг бы свет Реформации. Мартин Лютер считал, что вера и озарение Святым Духом являются необходимыми условиями для толкования Библии, утверждал, что Библию следует читать совершенно иными глазами, чем обычные литературные произведения. Он также полагал, что не церкви следует определять, чему должно учить Писание, но наоборот, Писание должно определять учение церкви, отвергал аллегорический метод толкования Писания, называя его «грязной» и «потрёпанной» одеждой.