Воспользовавшись некоторой свободой, церковь смогла обратиться к решению внутренних проблем, возникших в ходе гонения при императоре Деции. Его непосредственным следствием стал вопрос о церковной дисциплине, связанный с принятием падших, из-за чего среди христиан Запада произошли разделения. В Риме после 15-месячного перерыва, последовавшего за казнью Фабиана, был не без трудностей избран новый епископ Корнелий (251–253 гг.), который снисходительно относился к отступникам, что стало причиной новатианского раскола (по имени антипапы Новатиана). В Карфагене священномученик Киприан собрал первый после гонения большой Собор, которому предстояло заниматься болезненным вопросом о падших. Император Деций был убит на войне с готами в Мёзии летом 251 г. Занявший римский престол Требониан Галл (251–253 гг.) возобновил гонение. Но в отличие от предшественника, считавшего христиан опасными для государства, этот император был вынужден уступить настроениям толпы, которая видела в христианах виновников эпидемии чумы, охватившей всю империю в конце 251 г. В Риме был арестован папа Корнелий, но дело ограничилось его ссылкой в окрестности Рима, где он и скончался. Его преемник Луций I (253–254 гг.) сразу же после избрания был удалён властями из города и смог вернуться только в следующем году. При императоре Валериане (253–260 гг.) гонения возобновились с новой силой (через некоторое время). Первые годы его правления для церкви были спокойными. Как многим казалось, император даже благоволил к христианам, которые находились и при дворе. Но в 257 г. в его религиозной  политике произошла резкая перемена. Дионисий Александрийский усматривает причину перемены настроения Валериана во влиянии его приближённого Макрина, горячего приверженца восточных культов, враждебно настроенного к христианской церкви. В августе 257 г. появился первый эдикт Валериана против христиан. Надеясь, что умеренные антихристианские действия произведут больший эффект, чем жесткие меры, власти нанесли главный удар по высшему духовенству, полагая, что после отступничества предстоятелей церквей за ними последует и их паства. Этот эдикт предписывал клирикам совершить жертвоприношение римским богам, за отказ полагалась ссылка. Кроме того, под угрозой смертной казни было запрещено совершать богослужения и посещать места захоронений. Из писем святителей Дионисия Александрийского Гермаммону и Герману (а также Киприана Карфагенского) исследователям известно, как исполнялся эдикт в Александрии и Карфагене. Оба святителя были вызваны местными правителями и после отказа исполнить предписание эдикта были отправлены в ссылку. В Африке легатом Нумидии были осуждены на каторжные работы в рудниках многие епископы этой провинции вместе со священниками, диаконами и некоторыми мирянами (вероятно, за нарушение запрета совершать христианского собрания). Ко времени действия первого эдикта Валериана традицией относится мученичество Римского папы Стефана I (254–257 гг.; память 2 августа). Вскоре власти пришли к убеждению в неэффективности принятых мер, поэтому второй эдикт, опубликованный в августе 258 г., был более жестоким. Духовных лиц за отказ повиноваться полагалось казнить; знатных мирян сенаторского и всаднического сословия – лишать достоинства и подвергать конфискации имущества, в случае упорства – казнить; их жён лишать имущества и ссылать; лиц, состоявших на императорской службе (caesariani), – лишать имущества и осуждать на принудительные работы в дворцовых имениях. Применение второго эдикта было чрезвычайно суровым: 10 августа 258 г. в Риме был замучен папа Сикст II (257–258 гг.) с диаконами Лаврентием, Фелициссимом и Агапитом (память 10 августа). Другие римские мученики этого времени: диаконы Ипполит, Ириней, Авундий и Конкордия (память 13 августа); Евгения, Прот, Иакинф и Клавдия (память 24 декабря). 14 сентября из места ссылки к проконсулу Африки Галерию Максиму был доставлен Киприан Карфагенский. Предание сохранило состоявшийся между ними краткий диалог: «Ты Тасций Киприан?» – «Я». – «Святейшие императоры приказали тебе принести жертву» (caeremoniari). – «Не сделаю». – «Подумай» (Сonsule tibi). – «Делай, что тебе предписано. В деле столь справедливом нечего раздумывать» («In re tam justa nulla est consultatio»). После этого проконсул сформулировал обвинение и последовал приговор: «Тасция Киприана казнить мечом». – «Благодарение Богу!» – ответил епископ (память 31 августа и 14 сентября).