Поэтому следует отличать явно выраженную веру от веры реальной, но несформулированной, которая ещё не проникла от сердца к разуму. Протестантская экклезиология формировалась, главным образом, как реакция на римско-католический институционализм. Основные её положения были высказаны ещё до начала Реформации. Во второй половине XIV в. Джон Уиклиф, крупнейший представитель так называемой предреформации, развивал идею «Церкви предопределённых», к которой может принадлежать только тот, кто предназначен к будущей славе согласно предвечному Божественному списку. В этом смысле ни об одном человеке нельзя сказать, является ли он членом истинной церкви или нет. Иначе говоря, Дж. Уиклиф не только поставил под сомнение католическое учение о церкви как о сообществе христиан, объединённых единой иерархией, вероучением и таинствами, но и заложил основы протестантской концепции «невидимой Церкви», предполагающей строгое разделение, а в некоторых крайних интерпретациях и противопоставление внутреннего невидимого и внешнего видимого аспектов церкви. По мнению Мартина Лютера, исторические церкви как общины христиан могут быть истинными и ложными. Степень их истинности зависит от того, насколько верно проповедуется в них Слово Божье. Но даже истинные исторические церкви не тождественны единой и святой церкви Иисуса Христа, которая в существе своём остаётся невидимой. Проповедь и совершение таинств, если они соответствуют Священному Писанию, – это лишь знаки присутствия единой невидимой церкви, состоящей исключительно из истинно верующих. Иначе говоря, в качестве важнейших экклезиологических критериев М. Лютер использовал основополагающие протестантские принципы sola Scriptura и sola fide. Следование Писанию – важнейший критерий истинности видимых церквей, личная вера – условие принадлежности к невидимой церкви. Но, т.к. «ни один человек не может заглянуть в сердце другого и увидеть – верует ли он», вопрос о границах церкви фактически снимается. Жан Кальвин также различает видимую церковь, где «добрые христиане смешаны с множеством лицемеров, у которых от Христа нет ничего, кроме названия», и церковь невидимую, которую христиане исповедуют в Символе веры и которая собственно и является объектом веры. При этом он подчёркивает, что видимая церковь не является по отношению к невидимой чем-то совершенно случайным: «Но как необходимо верить Церкви, невидимой для нас и ведомой одному лишь Богу, так же заповедано нам почитать и видимую Церковь, находясь в общении с нею». Членом невидимой церкви можно стать через принадлежность к истинной христианской общине, признаком которой являются чистота евангельской проповеди и церковное устройство, соответствующее новозаветному установлению. «...Везде, где в чистоте проповедуется и выслушивается Слово Божье и где Таинства совершаются по установлению Христову, там, вне всякого сомнения, присутствует Церковь». В целом эти положения родоначальников Реформации стали для традиционной протестантской экклезиологии нормативными. Причём в реформатстве, ориентированном на учение Ж. Кальвина, значение видимой церкви подчёркивается сильнее, нежели в лютеранстве.