В 1839 г. начало действовать Софийское богословское училище, основанное при поддержке митрополита Мелетия. Некоторые священники-греки создавали сборники проповедей, написанных греческой азбукой на славянском языке, понятном для паствы; греческим шрифтом печатались болгарские книги. Кроме того, ряд акций Константинопольской патриархии против некоторых изданий на славянских языках исследователи рассматривают как реакцию на усиление активности среди славянских народов протестантских организаций, прежде всего, библейских обществ с их тенденцией перевода богослужебных книг на национальные разговорные языки. Так, в 1841 г. Константинопольская патриархия запретила изданный годом ранее в Смирне новоболгарский перевод Евангелия, а изъятие уже выпущенной книги вызвало негативную реакцию среди болгар. Одновременно патриархия ввела цензуру на болгарские издания, что послужило лишним поводом для роста антигреческих настроений. В 1846 г., во время посещения Болгарии султаном Абдул-Меджидом, болгары повсеместно обращались к нему с жалобами на греческое духовенство и просьбами о поставлении владык из болгар. По настоянию османского правительства Константинопольская патриархия созвала Поместный Собор (1850 г.), который, однако, отклонил требование болгар о самостоятельном избрании священников и епископов с предоставлением им ежегодных окладов. Накануне Крымской войны 1853–1856 гг. борьба за национальную церковь охватила крупные города и многие области, населённые болгарами. В этом движении также приняли участие многие представители болгарской эмиграции в Румынии, Сербии, России и других странах и болгарская община Константинополя (к середине ХIХ в. насчитывавшая 50 тыс. чел.). Архимандрит Неофит (Бозвели) выдвинул идею открытия в Константинополе болгарского храма. После окончания Крымской войны болгарская община в Константинополе стала руководящим центром легальной национально-освободительной деятельности. Болгарские представители вступили в переговоры с Константинопольской патриархией с целью прийти к соглашению об образовании самостоятельной Болгарской церкви. Нельзя сказать, утверждают исследователи, что патриархия ничего не делала для сближения позиций сторон. Так, в патриаршество Кирилла VII (1855–1860 гг.) было хиротонисано несколько епископов болгарского происхождения, в том числе известный народный деятель Иларион (Стоянов), возглавивший болгарскую общину Константинополя с титулом епископа Макариопольского (1856 г.). 25 октября 1859 г. патриарх заложил основание болгарского храма в столице Османской империи – церковь св. Стефана. Патриарх Кирилл VII стремился всячески способствовать поддержанию мира в смешанных греко-болгарских приходах, узаконил равноправное употребление греческого и церковнославянского языков в богослужении, принимал меры к распространению славянских книг и развитию духовных школ для славян с обучением на их родном языке. Однако многие из иерархов греческого происхождения не скрывали своей «эллинофилии», что препятствовало примирению. Сам патриарх из-за своей умеренной политики в болгарском вопросе вызвал недовольство проэллински настроенной «партии» и был смещён её стараниями, а болгары сделанные им уступки считали запоздалыми и требовали церковного отделения от Константинополя. В апреле 1858 г. на Поместном соборе Константинопольская патриархия вновь отвергла требования болгар (избрание владык паствой, знание кандидатами болгарского языка, ежегодные оклады иерархам). В то же время набирало силу болгарское народное движение. 11 мая 1858 г. в Пловдиве впервые была торжественно отпразднована память святых Кирилла и Мефодия. Поворотным пунктом в болгарском церковно-национальном движении явились события в Константинополе на Пасху 3 апреля 1860 г. в церкви св. Стефана. Епископ Макариопольский Иларион по требованию собравшегося народа не помянул за богослужением Константинопольского патриарха, что означало отказ от признания церковной юрисдикции Константинополя. Данная акция была поддержана сотнями церковных общин в болгарских землях, а также митрополитами Авксентием Велийским и Паисием Пловдивским (греком по происхождению). В Константинополь приходило множество посланий от болгар, в которых содержался призыв добиваться от османских властей признания независимости Болгарской церкви и провозгласить «Патриархом всей Болгарии» епископа Илариона, который, однако, настойчиво отклонил это предложение.