О последующих переменах в каноническом положении Болгарской церкви исследователи судят на основании трёх писем, связанных со спором между Константинополем и Охридом о границах их диоцезов. В первом Константинопольский патриарх обвинял Охридского архиепископа Матфея (упомянут в ответном письме) в том, что тот, не имея канонических прав, присоединил к своей церковной Софийскую область и Видинскую епархию. В ответном письме неизвестный исследователям по имени преемник Матфея объяснял патриарху, что его предшественник получил в присутствии патриарха и членов Синода Константинопольской церкви от византийского императора грамоту, согласно которой в его диоцез вошли земли до Адрианополя, в том числе Видин и София. В третьем письме тот же Охридский архиепископ жалуется императору Мануилу II Палеологу (1391–1426 гг.) на Константинопольского патриарха, вопреки императорскому указу изгнавшего митрополитов Видина и Софии, поставленных из Охрида. Исследователи по-разному датируют эту переписку: 1410–1411 гг., после 1413 г. или около 1416 г. Во всяком случае, не позднее второго десятилетия ХV в. Тырновская церковь была подчинена Константинополю (церковно-юридические обоснования ликвидации Тырновского патриархата отсутствуют). Однако это событие стало естественным следствием утраты Болгарией собственной государственности. Значительно дольше сохраняли автокефалию другие балканские церкви, на территории которых проживала часть болгарского населения (и где в XVI–XVII вв. существовали значительно более благоприятные условия для сохранения славянской письменности и культуры), – Печский и Охридский патриархаты (упразднены соответственно в 1766 и 1767 гг.). С этого времени все болгарские христиане попали под духовную юрисдикцию Константинопольского патриарха. Первым митрополитом Тырновской епархии в составе Константинопольского патриархата стал бывший Никомидийский митрополит Игнатий: его подпись стоит седьмой по счёту в списке представителей греческого духовенства на Флорентийском соборе 1439 г. В одном из списков епархий Константинопольского патриархата середины ХV в. Тырновский митрополит занимает высокое 11-е место (после Фессалоникийского); ему подчинены три епископских кафедры: Червен, Ловеч и Преслав. До середины ХIХ в. Тырновская епархия охватывала большую часть земель Северной Болгарии и простиралась на юг до р. Марица, включая районы Казанлыка, Стара- и Нова-Загоры. Тырновскому митрополиту были подчинены епископы Преславский (до 1832 г., когда Преслав стал митрополией), Червенский (до 1856 г., когда Червен также был возведён в ранг митрополии), Ловчанский и Врачанский. Константинопольский патриарх, считавшийся верховным представителем перед султаном всех православных христиан (миллет-баши), обладал широкими правами в духовной, гражданско-правовой и экономической сферах, но оставался под постоянным контролем османского правительства и нёс личную ответственность за лояльность своей паствы власти султана. Церковное подчинение Константинополю сопровождалось усилением греческого влияния в болгарских землях. На кафедры назначались архиереи-греки, которые, в свою очередь, поставляли в монастыри и приходские храмы греческих священнослужителей, следствием чего стала практика проведения богослужений на греческом языке, непонятном большей части паствы. Церковные должности нередко занимались при помощи крупных взяток, на местах церковные налоги (известно свыше 20 их видов) взимались произвольно, нередко насильственными методами. В случае отказа в выплатах греческие иерархи закрывали церкви, анафематствовали непокорных, представляли их османским властям как неблагонадежных и подлежащих переселению в другую местность или взятию под стражу. Несмотря на численное превосходство греческого духовенства, в ряде епархий местное население сумело сохранить настоятеля-болгарина. Многие монастыри (Этропольский, Рильский, Драгалевский, Куриловский, Кремиковский, Черепишский, Гложенский, Кукленский, Эленишский и др.) сохранили церковнославянский язык в богослужении. В первые века османского владычества между болгарами и греками не существовало вражды по этническому признаку; известно много примеров совместной борьбы против завоевателей, в равной степени угнетавших православные народы.