Признавая необходимым полное согласие веры с Откровением в том виде, как оно дано в Священном Писании и Священном Предании, он занимался решением вопроса, как вера должна относиться к науке, знанию, и давал при этом очень широкое место гносису. Исследователи рекомендуют прочесть в его «Стогматах» превосходные главы о гносисе и гностиках, чтобы почувствовать всю силу обаяния гностического движения для образованных христиан, считая, что христианской церкви, особенно христианскому богословию, он дал неизмеримо больше, чем предполагалось раньше. Им представляется несомненным, что церковь, если она хотела вытеснить враждебный ей гносис, то должна была создать систему собственного гносиса. Именно такую систему даёт александрийская школа в работах Климента и Оригена: Климент примирил христианское сознание с необходимостью этой системы, а Ориген создал её в своём трактате «О началах» и в других сочинениях. По мнению Климента Александрийского, философия имеет предуготовительное значение, руководя совершенствующегося во Христе. О диалектике он говорил, что она содействует ограждению истинного учения от ересей, разумея при этом философию вообще, а не конкретную: стоическую, эпикурейскую, платоновскую, аристотелевскую или какую-нибудь другую. Исследователи подчёркивают, что из некоторых его выражений нельзя делать вывод, что он не придавал вере надлежащего значения. Напротив, она для него – исполнение, совершенство и конечный результат познания: для веры не может быть ни в чём недостатка; она совершенно необходима для того, чтобы достигнуть познания; и в этом смысле она считается основанием знания. Климент утверждал, что вера должна быть критерием знания и господствовать над ним, но, с другой стороны, настаивал на необходимости научно раскрытой и снабжённой доказательствами веры и ратовал в особенности горячо за внутреннюю связь веры и знания. Так, он говорил, что послушное вере знание и вера, подкреплённая знанием, взаимно сопровождая друг друга, составляют божественное согласие между собой. Поскольку вера есть сжатое, не раскрытое познание истины, а гнозис – обширное, уже раскрытое её изложение и утверждение на основании веры, то Климент отдавал предпочтение знанию перед верой. Но исследователи говорят, что если из такого рода посыла выводить заключение, что Климент везде старался показать пользу науки и поднять значение разума, то не следует забывать, что вера для него – главное и основное: «Знание следует за верой, а не предшествует ей». Те же мысли о пользе науки и об участии разума в деле веры развил ученик Климента и его преемник в Александрийском училище Ориген (около 185 – 253/254 гг.). Что Климент только наметил, то Ориген развил; что у Климента было только в отрывочной форме, то у Оригена изложено уже в виде стройной и строго последовательной системы. Его сочинение «О началах» представляет собой первую по времени богословскую систему, в которой догматы веры связаны и освещены общей мыслью и достаточно аргументированы. Хотя в этом первом опыте богословской системы не соблюдены в равной мере права веры и разума, и разум иногда переходит границу дозволенного и высказывает такие положения, которые церковь не приняла и даже осудила, важно то, что уже во II в. (или в начале III в.) не только было определено отношение между христианством и философией, верой и разумом, но появилось богословие в форме философской системы. Но такое направление было не общим, против него существовали сильные возражения, что возбуждало опасения. Христианская наука могла твёрдо установиться только после устранения этих опасений и разрешения возражений. Ориген черпал у гностиков полной рукой. В его системе, например, Сын имеет то же значение, что эоны и плерома в наиболее развитых гностических мифологемах. Это – раскрывшаяся в разнообразии, реально осуществившаяся в живом личном Духе сумма божественных предикатов, предполагаемых в Отце, но ещё в безразличном единстве. Апологеты и александрийская школа пошли навстречу интеллектуальным запросам высших слоёв христианского общества, но это имело и свои неудобства.