Эта икона вызвала критику со стороны государева дьяка И.М. Висковатого и стала предметом обсуждения на Соборе в 1553–1554 гг. В эпоху митрополита Московского и всея Руси Макария (1542–1563 гг.) и царя Ивана IV Васильевича «Грозного» (1548–1584 гг.) иконное убранство Благовещенского собора, как и других кремлёвских соборов, которые пострадали в пожаре 1547 г., могло пополниться древними чтимыми иконами, привезёнными из разных мест страны. Возможно, в это время в местном ряду появился образ «Спас на престоле» (1337?); в поздней надписи на иконе упомянуты великий князь Иван Калита и Новгородский архиепископ Моисей. После 1552 г. в домовый царский храм была поставлена двусторонняя икона «Богоматерь Донская» с «Успением» на обороте (последняя четверть XIV в.), принесённая из Успенского собора г. Коломны. Какой именно образ был храмовым в домовом царском соборе, исследователям неизвестно. Вероятно, это могла быть привезённая в ту же эпоху икона «Благовещение Устюжское» (начало XII в.) из новгородского Юрьева монастыря, взятая позднее в Успенский собор Московского Кремля (к началу XVII в. находилась в местном ряду). Окончательное формирование современного вида местного ряда относится к началу XVIII в. В него вошли наиболее почитаемые иконы Благовещенского собора: справа от царских врат – «Спас на престоле» (1337?; до 1680 г. находилась в левой части ряда; в описи 1703 г. названа чудотворной); храмовый образ «Благовещение с кондаки и с икосы» (созданная, вероятно, по заказу царя Михаила Фёдоровича в первой четверти XVII в.) в золотом окладе; икона «Господь Вседержитель с припадающими в молении прп. Сергием Радонежским и прп. Варлаамом Хутынским» («Спас Смоленский», середина XVI в.) в золотом окладе; «Четырёхчастная» икона (на южной стене). Слева от царских врат стояли «Богоматерь Донская» в раме конца XVII – начала XVIII в. с образами праматерей и пророчиц (в 1680 гг. стояла в киоте справа; ныне в среднике располагается Шуйская-Смоленская икона Богоматери, XV в., из кремлевского Николо-Гостунского собора); «Христос на престоле, с предстоящими Богоматерью и Иоанном Предтечей, со святыми на полях» (конец XVII – начало XVIII в.; по сведениям XIX в., икона написана «по обещанию» ключарём Благовещенского собора Иваном Афанасьевым); «Богоматерь Тихвинская» в раме с 16 клеймами, иллюстрирующими «Сказание о чудесах иконы Богоматери Тихвинской» (середина XVI в.); «Никола в житии» (1699 г.; северная стена). Из местного ряда в конце XVII–XVIII в. были убраны образ Св. Троицы в серебряном золочёном окладе (вторая половина XVI – первая половина XVII в., перенесена в алтарь, не сохранилась), «Богоматерь Одигитрия с 24 праздниками Господскими и Богородичными на полях» в серебряном золочёном чеканном окладе с узорами сканью (перенесена к левому столпу, не сохранилась; с этой иконой связывают раму XVII в. с изображениями праздников, которая в настоящее время находится в иконостасе церкви Ризоположения Московского Кремля), «Страшный Суд» (XVII в.; на северной стене). В конце XVII – начале XVIII в. старые двери в алтарь были заменены на новые с образами архангелов Уриила (вход в жертвенник) и Рафаила (вход в дьяконник). Особенностью местного ряда Благовещенского собора является существование постоянного места для иконы небесного покровителя самодержца, которую писали ко дню венчания на царство, а после смерти царя «переносили ко гробу» в Архангельский собор (сохранилось несколько икон, начиная со времени Ивана IV, одного размера и сходных по композиции). Такой образ всегда располагался справа от царских врат. У южного столпа, напротив иконы, находилось царское моленное место – деревянное, резное, с шатром. По документам Благовещенского собора исследователям известна икона в серебряном золочёном окладе вмч. Феодора Стратилата, св. покровителя царя Фёдора Алексеевича (написана в 1676 г. С. Ушаковым; ныне в Музее прикладного искусства и быта России XVII в. ГММК). В настоящее время в ряду стоит икона, вероятно, 1680 гг., с изображением св. апостолов Петра, Иоанна Предтечи и прп. Алексия, человека Божия (дописан во второй четверти XVIII в.), предстоящих Христу, – небесных покровителей царей Ивана и Петра Алексеевичей. Среди местных икон исследователям интересна житийная икона свт. Николая на северной стене Благовещенского собора. В одном из её клейм сохранилась надпись, что икона была создана в марте 1699 г. по обещанию духовника государя, протоиерея Благовещенского собора Феофана Феофилактовича, его сыном Феодотом Ухтомским, изографом Оружейной палаты.