Неоднозначно вели себя благовещенские протопопы и в Смутное время. Известна приветственная речь протопопа Терентия Лжедмитрию I (1605–1606 гг.). После воцарения Василия Ивановича Шуйского (1606–1610 гг.) Терентий был отстранён от настоятельства (в 1608 г. на свадьбе царя присутствовал уже протопоп Кондратий), в 1610 г. польский король Сигизмунд III (1587–1632 гг.) приказал «протопопу Терентию быти по прежнему у Благовещения, а благовещенскому протопопу велено быти у Спаса на Дворце». Терентию приписывается авторство «Повести о видении некоему мужу духовному», основная идея которой заключается в необходимости всенародного покаяния и прекращения междоусобной борьбы. К началу 1613 г. относится известие об участии настоятеля Благовещенского собора Ивана в избрании на царство Михаила Фёдоровича Романова, летом того же года уже другой протопоп Кирилл принял участие в коронационных торжествах – «ис Казенново двора деодиму, и крест, и шапку нес на блюде». Протопоп Благовещенского собора Максим (в иночестве Моисей) в 1638–1651 гг. был архиепископом Рязанским. Он составил «роспись» новгородским святым. Из настоятелей Благовещенского собора второй половины XVII в. исследователи отмечают протопопа Стефана Вонифатьева, главу кружка ревнителей благочестия в Москве. Весьма колоритной личностью считается духовник царя Алексея Михайловича протопоп Андрей Савинович Постников. Будучи любимцем монарха, он часто вступал в конфликты с патриархом Иоакимом (1674–1690 гг.), который был вынужден «во смирение» «за протопопово неистовство, и невежество, и мздоимство многое», а также за то, что, будучи вдовцом, он «держит у себя женку многое время», сажать Андрея на цепь (царь избавлял духовника от наказания и пытался примирить с патриархом). После смерти Алексея Михайловича протопоп начал оспаривать у патриарха право прочесть разрешительную грамоту и вложить её в руки усопшего монарха. Получив отказ, Андрей просил у царя Фёдора Алексеевича стрельцов, для того чтобы убить патриарха Иоакима. В результате он был лишён сана и сослан в Кожеезерский монастырь. В 1658–1666 гг. диаконом придельной церкви в честь Собора Пресвятой Богородицы был один из учителей старообрядчества Фёдор Иванов. С началом петровских реформ произошли изменения и в статусе придворного духовенства: протопоп Феофан Феофилактович первым из царских духовников получил сан протопресвитера. После переноса столицы в Санкт-Петербург царские духовники покинули Москву и приезжали в прежнюю столицу для участия в коронационных торжествах. Оставаясь настоятелями Благовещенского собора, они одновременно стали протопресвитерами Петропавловского собора, в 1826–1887 гг. также исполняли обязанности главного священника гвардии и гренадёр. С 1774 г. духовники императоров являлись членами Святейшего Синода. Среди протопресвитеров – настоятелей Благовещенского собора в XVIII–XIX вв. были выдающиеся церковно-общественные деятели, учёные: Фёдор Дубянский, Иван Памфилов, Василий Бажанов, Иван Янышев. После смерти в 1910 г. протопресвитера Ивана Янышева настоятели Благовещенского собора лишились должности царских духовников. С 1620 гг. известен соборный причт, который состоял из протопопа, ключаря, двух священников, трёх диаконов, двух псаломщиков и двух пономарей; в каждой из шести придельных церквей служили священник, диакон и дьячок; при соборе числились также четыре сторожа. В XVIII–XIX вв. причт собора сократился, к началу XX в. в Благовещенском соборе служили настоятель в сане протопресвитера, сакелларий, два протоиерея, два протодиакона, шесть псаломщиков и церковный староста.