О материальном обеспечении Благовещенского собора до XVI в. у исследователей нет систематических сведений. Известны поминальные вклады в собор: в духовных грамотах рузского князя Ивана Борисовича 1503 г., волоцкого князя Фёдора Борисовича 1506 г., князя М.В. Горбатого-Шуйского 1534/1535 г. Эти вклады были небольшие – 5–10 р. В 1592/1593 г. боярин и дворецкий С.В. Годунов дал «в вечный поминок» 100 р. В духовной грамоте протопопа Василия Кузьмича сообщается, что великий князь Василий Иванович пожаловал ему поместье, и что протопоп покупал земли в вотчину. Протопоп просил своих душеприказчиков ходатайствовать перед великим князем не отбирать после смерти его поместье и передать земли наследникам. Около 1550 гг. царь Иван IV Грозный пожаловал Благовещенскому собору «по отце своем великом князе Василии Иоанновиче... и по матери своей великои княгине Елене в вечной поминок, а о своем многолетном здравии Бога молить» с. Кувекино, или Кувякино, с деревнями и пустошами в Московском уезде. В описи соборного архива конца XVII в. упоминается жалованная грамота царя Василия Шуйского 1606 г., подтверждавшая права Благовещенского собора на это село, а также на с. Расторопово, деревни, пустоши, луга и другие угодья, в частности, на рыбные ловли и мельницу на р. Десне. К 1585/1586 г. относится жалованная грамота царя Фёдора Ивановича на сельцо Сатино, деревни Шеловку, Климову и Ведерникову в Сосенском стане Московского уезда. Возможно, это был поминальный вклад по царю Ивану IV. В 1611 г. правительством первого ополчения была выдана грамота, подтверждавшая права соборян на все старые вотчины. В соответствии с этой грамотой все земли Благовещенского собора, незаконно отобранные у него и переданные служилым людям в Смутное время, должны быть возвращены прежнему владельцу. В 1614 г. царь Михаил Фёдорович пожаловал Благовещенскому собору вотчины в Касимовском уезде, царь Алексей Михайлович дал собору значительные податные льготы. Грамотой царей Ивана и Петра Алексеевичей 1682 г. подтверждалось право причта на рыбные ловли на Оке во Владимирском, Касимовском и Рязанском уездах. В XVII в., как и раньше, в собор давались поминальные вклады, известны, в частности, вклады боярина И.И. Шуйского в 1631/1632 г. – 50 р., боярина Н.И. Одоевского в марте 1640 г. – 25 р. Главным источником содержания причта Благовещенского собора в XVII в., так же как и, вероятно, в XVI в., являлась царская руга, выдававшаяся из приказа Большого дворца и из Казённого приказа деньгами и хлебом. В документах XVII в. есть данные о размерах денежных годовых окладов клириков «за службы и за ужины». Все клирики получали годовые и праздничные сукна деньгами или материей, им полагалось также носильное платье или давалась материя. Соборные диаконы кроме общих годовых, праздничных и «радостных» сукон получали до 1652 г. «кликальные» сукна за провозглашение царского многолетия на службах в навечерие Рождества и Богоявления, совершавшихся по обыкновению в присутствии царя. В качестве царских духовников протопопы Благовещенского собора получали особое содержание, складывавшееся из годового денежного жалованья на подённый корм и на милостыню нищим, неокладных дач товарами и деньгами, а также подарков деньгами и ценными вещами от царской семьи. По-прежнему практиковалось пожалование им земельных владений. Сохранились подлинники двух жалованных грамот царя Михаила Фёдоровича 1613–1616 гг. на вотчины в Ярославском уезде протопопу Кириллу. Во владении Стефана Вонифатьева находились 22 двора, населённых 43 душами мужского пола. Очевидно, и другие настоятели Благовещенского собора были владельцами населённых земель. С конца XVII в. ружное жалованье духовенству сокращалось, в XVIII в. были отменены всякого рода натуральные дачи. В 1764 г. Благовещенский собор лишился всех земель и угодий, перешедших в ведение Коллегии экономии, которая на содержание трёх московских кремлёвских соборов выдавала 5868 рублей в год. В XIX в. причт собора получал дополнительный доход в виде процентов с государственных ценных бумаг и банковского капитала, принадлежавших собору.