Преображенская община в те годы насчитывала около 1,5 тыс. человек и около 10 тыс. прихожан по Москве. В ведении кладбища состояли многие общины в Ярославской, Тверской, Новгородской, Лифляндской, Нижегородской, Саратовской, Казанской губерниях, а также на Дону, Кубани и в Прибалтике. В 1809 г. на Петербургском соборе федосеевцев, заседавшем под руководством Ковылина, было принято постановление о некотором смягчении отношения к старожёнам и новожёнам. Постановление вызвало новую волну дискуссий и привело к образованию аристова согласия (по имени петербургского купца В.К. Аристова), требовавшего соблюдения жёстких правил «Польского устава». В «Петербургских статьях», принятых собором 1809 г., был определён порядок присоединения к федосеевцам поморцев – через 40-дневный пост (ранее требования были менее строгими). Это вызвало не только резкие оценки со стороны поморцев, но и дискуссии в федосеевском согласии. Часть общин высказалась против ужесточения чиноприёма поморцев. Казанский же наставник Я. Петров, считавший, что молиться за императора-«антихриста» нельзя, напротив, счёл постановление собора 1809 г. слишком мягким и выступил за перекрещивание поморцев, за что был осуждён Московским собором федосеевцев в 1811 г. На Преображенском кладбище в 1817 г. проходило особое совещание всех наставников с привлечением начётчиков из губерний, посвящённое рассмотрению сообщения федосеевца из Саратова о том, что местные старообрядцы неправильно творят на себе крестное знамение, поскольку при словах ««Сыне Божий» полагают руку на левое плечо, на котором у человека сидит дьявол. Тем самым ему отдают на поругание имя «Исуса Христа». Последователи такой трактовки крестного знамения, называвшиеся левяками, были широко распространены в Поволжье, особенно в сёлах Воскресенском, Б. Чернавка и др. На этом же соборе рассмотрели письмо с Кубани, в котором содержались жалобы на нерадивость местных федосеевских наставников, из-за чего «многие из набожных людей уклоняются в поморское согласие, даже в поповщину». На Кубань для исправления молитвенного служения, научения правильному чтению и пению, а также для объяснения брачного вопроса были отправлены С. Козьмин и певчий Ф. Емельянов. Впоследствии Козьмин, ставший настоятелем Преображенского кладбища, совершил немало поездок на Дон, в нижегородские, смоленские и тульские пределы для укрепления федосеевского согласия. Собор 1817 г. подтвердил необходимость безбрачия для членов согласия, и эта позиция Преображенской общины оставалась неизменной в течение XIX в., несмотря на активную полемику по вопросу о браке внутри согласия. В 1823 г. последовали ограничения деятельности Преображенского кладбища, в 1847 г. оно было подчинено ведению московского Попечительного совета заведений общественного призрения, а в 1853 г. – ведению совета императорского Человеколюбивого общества. В 1850 гг. были арестованы многие настоятели и попечители кладбища, в том числе главный настоятель С. Козьмин, известный предприниматель Ф.А. Гучков. В 1866 г. мужской двор богаделенного дома перешёл к единоверцам, на территории женского двора осталось шесть моленных и одна «соборная», где было 180 певцов и певиц. Несмотря на притеснения со стороны властей, Преображенское кладбище оставалось центром федосеевщины. В Москве в то время существовало более 10 домашних моленных федосеевского согласия. В 1883 г. на соборе федосеевцев в Москве, проходившем в доме попечителя Преображенского кладбища Н.В. Кочегарова, был принят устав, который разослали по всей России. Основными положениями нового устава были пункты о немолении за царя и всеобщем безбрачии, бессвященнословные браки были названы «еретическими». Ни петербургские, ни рижские федосеевцы на соборе не присутствовали. И тех, и других московские федосеевцы принимали через 6-недельный пост. В XIX в. большой авторитет приобрели напрямую связанные с Преображенским кладбищем две моленные в Саратове: Волковская (Песковская), основанная в 1804 г. И.А. Волковым-Песковским (после его смерти моленная в 1840 г. была опечатана, иконы и книги переданы в консисторию), и действовавшая в 1811–1839 гг. Кабановская моленная, основанная С.Я. Кабановым-Никитиным.