Против решений синоптической проблемы, предложенных Г. Эвальдом и Г.Ю. Гольцманом, была написана книга Н.И. Троицкого «О происхождении первых трех канонических Евангелий» (1878 г.), в которой прослежена история вопроса начиная с XVIII в. Профессор Московской духовной академии М.Д. Муретов задумал цикл работ под общим названием «Главные типы новейшего отрицания Евангелия», однако его труд был приостановлен цензурой. Вышли только отдельные части книги о предшественниках Штрауса, об И.Г. Эйхгорне и о Ренане. В диссертации преподавателя Костромской духовной семинарии И.В. Баженова («Характеристика 4-го Евангелия со стороны содержания и языка, в связи с вопросом о происхождении Евангелия». 1907 г.) критиковалась гипотеза Тюбингенской школы о принадлежности Евангелия от Иоанна неизвестному греку, проживавшему во II в., и приводились аргументы в пользу традиционной датировки Евангелия. Преподаватель Киевской духовной академии архиепископ Василий (Богдашевский) не только критически разобрал отрицательные гипотезы, но и создал серию комментариев к Новому Завету, в которых сочетал верность православной традиции со знанием западной литературы. Первым опытом в написании библейской истории, т.е. реконструкции событий, описанных в Ветхом и Новом Завете, основанной на данных священных книг и древних памятников письменности и материальной культуры, было «Начертание библейской истории» (1816 г.) митрополита Филарета (Дроздова). Эта книга лишь наметила общие контуры темы, поскольку наука о Древнем Востоке еще только зарождалась. Отдельные периоды ветхозаветной истории были описаны в трудах Ф.Г. Елеонского, Я.А. Богородского и знатока межзаветного времени М.Э. Поснова («Иудейство: К характеристике внутренней жизни еврейского народа в послепленное время». 1906 г.). Митрополит Иосиф (Петровых) исследовал период Второго храма и написал работу о соотношении Библии и сообщений Иосифа Флавия. Межзаветному периоду были посвящены работы казанского профессора богословия протоиерея А.В. Смирнова, переводчика апокрифов. По новозаветной истории были написаны насыщенное богословскими идеями сочинение протоиерея П.А. Матвеевского «Евангельская история о Боге-Слове Сыне Божием...» (1890 г.), книга профессора Казанской духовной академии М.Н. Богословского «Детство Господа нашего Иисуса Христа» (1893 г.). Вышло большое число монографий по отдельным вопросам, например, труды архимандрита Григория (Борисоглебского) «Третье великое благовестническое путешествие св. апостола Павла» (1892 г.), протоиерея священомученика Иоанна Артоболевского «Первое путешествие апостола Павла» (1900 г.), архиепископа Евдокима (Мещерского) «Святой Апостол и Евангелист Иоанн Богослов» (1911 г.) и серия очерков Муретова по евангельской истории. Борьба с теорией панвавилонизма стала отправной точкой для формирования отечественной библейской археологии как особой научной дисциплины. В учебных планах Духовных академий до 1917 г. задача предмета библейской археологии определялась ее пониманием в немецком богословии: изучение бытовой жизни ветхозаветного Израиля, причем исключительно на основании письменных источников – Библии, Талмуда, описаний Святой земли. Так, профессор Санкт-Петербургской духовной академии И.Г. Троицкий предметом библейской археологии считал «описание и посильное объяснение тех бытовых форм, в которые воплощалось Царствие Божие за время от Синайского законодательства до Сошествия Святого Духа на апостолов». Такой характер носили и работы архимандрита Иеронима (Лаговского), С.А. Терновского. В Московской духовной академии такое понимание предмета библейской археологии сохранилось до 1917 г. Затем под влиянием профессора Д.И. Введенского наметилась тенденция к расширению круга рассматриваемых памятников и обращению к данным египтологии и ассириологии. И.Г. Троицкий в 1894–1895 учебном году излагал на лекциях материал преимущественно по письменным источникам, упоминая и некоторые археологические памятники, а в лекциях 1895–1896 учебного года он рассматривал также археологические и эпиграфические памятники Древнего Египта и хеттов. В 1913 г. Троицкий издал пособие, в котором, сохраняя прежнюю форму, утвержденную советами духовной академии в 1895 г., постарался привлечь весь доступный ему археологический материал, известный к началу XX в.