У епископа Михаила было немало учеников, которые обогатили православную науку о Священном Писании комментариями и монографиями по различным областям библеистики. Одним из важнейших направлений была критика гипотез о происхождении Пятикнижия. В качестве источников для опровержения выводов протестантской библейской критики часто использовались работы таких католических исследователей, как А. Арно и аббата Ф. Вигуру. Профессор Санкт-Петербургской духовной академии Ф.Г. Елеонский в книге «Разбор мнений современной отрицательной критики о времени написания Пятикнижия» (1875 г.) попытался обосновать положение о единстве Пятикнижия и авторстве Моисея. Документальная теория происхождения Пятикнижия критиковалась ректором Санкт-Петербургской духовной академии епископом Феофаном (Быстровым), который стремился доказать, что употребление в книгах Ветхого Завета имен Иегова и Элохим не связано с различными литературными источниками, но служит указанием на две сферы «мироправления божественного»: Элохим означает общепромыслительное отношение Бога к миру, употребление имени Иегова связано с домостроительством человеческого спасения («Тетраграмма, или Ветхозаветное божественное имя». 1905 г.). Против положения эволюционной теории развития ветхозаветной религии о том, что проповедь пророков предшествовала по времени появлению Закона Моисея (К.Г. Граф, А. Кюнен, Ю. Велльгаузен), профессор Московского университета протоирей Н.А. Елеонский выдвигал тезис об архаичности языка и стиля Пятикнижия, отражающих, по его мнению, более раннюю эпоху, нежели классический профетизм. Профессор Киевской духовной академии И.А. Бродович показал, что пророк Осия, рассматривавшийся сторонниками эволюционной теории в качестве создателя новой религии – «этического монотеизма», – продолжал и развивал уже существовавшую религиозно-нравственную традицию учения Моисея («Книга пророка Осии: Введение и экзегезис». 1901 г.). Необоснованность картины истории ветхозаветной религии, предлагаемой эволюционной теорией, показал профессор Московской духовной академии А.И. Покровский на основании данных палеоэтнографии. Положение эволюционной теории, согласно которой левиты появились только после вавилонского плена, оспаривал профессор Киевской духовной академии протоиерей А.А. Глаголев, защищавший древность законов книги Левит, не отвергая, впрочем, саму возможность развития ветхозаветного богослужения («Левиты и Левиино колено». 1912 г.; «Книга Левит». 1915 г.). Критике была подвергнута и распространенная на Западе теория истории ветхозаветной религии – об исконном монотеизме семитов (Ренан). Преподаватель Московской духовной академии И.П. Яхонтов показал, что политеистические культы были неизменной частью религий всех известных семитских народов, кроме древних евреев («Изложение и разбор мнения Ренана о происхождении еврейского единобожия», 1884 г.). Ряд работ был посвящен защите традиционных представлений о целостности, датировке и авторстве Книги пророка Захарии (профессор Дерптского университета протоиерей П.Е. Образцов), Книги Товита (профессор Киевской духовной академии Н.М. Дроздов в докторской диссертации «О происхождении книги Товита» (1901 г.) доказывал допленное происхождение книги, а также защищал мнение об арамейском ее оригинале, подтвержденное уже в XX в. кумранскими находками), псалмов (протоиерей Н.П. Вишняков), Книги Плач Иеремии (М.Д. Благовещенский) и др. Обширную апологетическую литературу вызвало распространение взглядов панвавилонизма. В Европе против него выступили такие ученые, как Дж. Г. Брэтстед, Г. Майер, католические монахи Ф. Куглер, а также А. Даймель. В России с панвавилонизмом полемизировал профессор Киевской духовной академии В.П. Рыбинский, епископ Хрисанф (Ретивцев), подчеркивавший взаимозависимость богооткровенной религии Моисея и верований Древнего Востока, архиепископ Платон (Рождественский), показавший связь Ветхого Завета с историографией древнего мира. Разбор несостоятельности теории панвавилонизма был сделан профессором Московской духовной академии Д.И. Введенским («Блуждающая гипотеза: К вопросу о панвавилонизме». 1911 г.), который, в частности, опроверг тезис Ф. Делича о том, что вера в племенного семитского Бога Яхве существовала в Вавилонии еще до времен ветхозаветных патриархов и потому не может рассматриваться как дар Божественного Откровения.