В Герцеговине и Черногории в 1852–1853, 1857–1858 и 1861–1862 гг. поднимались восстания под предводительством Луки Вукаловича. Восставшие одержали ряд побед над турецкими войсками, но после поражения Черногории в войне против Турции их движение было подавлено. В результате войны Турция отказалась от пограничных герцеговинских районов в пользу Черногории. В 1856 г. в Сараеве и в 1859 г. в Мостаре были открыты российские консульства, которые старались отстаивать интересы местного православного населения. Первым сараевским консулом был назначен Александр Фёдорович  Гильфердинг. В 1860 гг. благодаря усилиям российских дипломатов удалось добиться изменения порядка финансирования церкви. Был введён налог, запрещены незаконные поборы и др. В 1872 г. в Сараеве для контроля за деятельностью митрополитов была учреждена скупщина, и принят церковный устав, согласно которому митрополит нёс перед ней ответственность за свои действия. Через российские консульства осуществлялась помощь православным церквам и монастырям. В 1850–1870 гг. деньги, книги, церковная утварь и облачения из России были направлены практически во все храмы Боснии и Герцеговины. Со второй половины ХIХ в. наметились положительные изменения в образовании. Открылись школы в Сараеве (с 1850 г.), Есенице, Баня-Луке, Стари-Майдане, Чайниче, Бихаче (с 1865 г.), Мостаре, Прняворе и других городах. На деньги, поступавшие из России, были открыты учебные заведения для подготовки священников в монастырях Тавна и Житомислич (1857 г.), семинария в Баня-Луке (1867–1875 гг.). В начале 1875 г. Герцеговину охватило самое крупное восстание, вызванное увеличением налогов, к концу года оно распространилось на всю территорию Боснии и Герцеговины, восставшие добились значительных успехов благодаря поддержке в южнославянских землях и в России, откуда приехали многочисленные добровольцы, и поступала экономическая помощь. В 1876 г. Сербия, Черногория и Болгария объявили войну Турции, к черногорскому войску присоединились герцеговинские повстанцы. В восстаниях принимало участие и католическое население. В 1877 г. в войну с Турцией вступила Россия. После окончания военных действий по Сан-Стефанскому мирному договору 1878 г. за Боснией и Герцеговиной была признана автономия, но по решению Берлинского конгресса того же года она была оккупирована Австро-Венгрией. Результаты Берлинского конгресса вызвали волнения среди как мусульманского, так и христианского населения: 28 июля 1878 г. хаджа Лой организовал «народное правительство», которое приняло решение о совместном сопротивлении православных и мусульман оккупантам, но восстание поднять не удалось. Формально Босния и Герцеговина подчинялись османскому султану, но на деле управлялись министерством финансов Австро-Венгрии.