Население страны сократилось на 1 млн. человек. Было разрушено или повреждено две трети жилого фонда, промышленность к 1994 г. сократилась на 95%, около 70% мощностей по выработке электроэнергии вышли из строя. До 2003 г. управление государством осуществляют представители международных организаций ОБСЕ и ООН, имеющие самые широкие полномочия. Страна продолжает делиться на два национальных образования – Республику Сербскую и Мусульмано-Хорватскую Федерацию, внутри которой сохраняется разделение на хорватские и мусульманские кантоны. К середине 2003 г. миротворческий контингент сокращён до 13 тыс. человек. В 1992–1995 гг. были уничтожены или сильно пострадали многочисленные религиозные объекты, как православные, так и мусульманские и католические. Резиденции епископов православной церкви в Мостаре, Сараеве и Тузле были разрушены, архиереи были вынуждены покинуть страну, почти все монастыри закрыты. В Мостаре разрушен кафедральный собор, кафедра перенесена в монастырь Тврдош, где находится и в настоящее время. Православная библиотека в Сараеве сгорела, некоторые церковные объекты минировались и взрывались по несколько раз. Монастырь Житомислич, переживший Вторую мировую войну, превращён в развалины. С 1995 г. началось восстановление православной церковной жизни, которое осложнено территориальным разделением Боснии и Герцеговины и миграцией православного населения из районов постоянного проживания. В 1994 г. была основана духовная академия во имя Василия Острожского в Србине (Республика Сербская). В Сараеве открылась духовная семинария во имя священномученика Петра, митрополита Дабро-Босанского. На территории Республики Сербской возобновлены или находятся в процессе возобновления все действовавшие ранее монастыри и храмы, в средних школах Закон Божий введён в обязательный список дисциплин. В Федерации Босния и Герцеговина процесс восстановления православных храмов идёт медленнее, продолжаются многочисленные провокации и нападения на храмы, с большим трудом удалось начать восстановление монастыря Житомислич. Сократилось и католическое население. Сейчас действуют две францисканские провинции в Сараеве и Мостаре и четыре провинции частных сестёр (три в Сараеве, одна в Мостаре), 281 приход, служат 238 священников, около 850 монашествующих. Открываются католические колледжи. Начинается процесс возвращения мусульманских беженцев в сербские районы, строятся новые мечети. Для решения религиозных вопросов действует Межрелигиозное вече, состоящее из представителей четырёх религий страны: православия, католицизма, ислама и иудаизма. В начале 2003 г. власти Боснии и Герцеговины приняли решение о возвращении верующим имущества, конфискованного у религиозных общин в годы правления в Югославии Иосипа Броз Тито.