Представители монастырей Боснии наряду с посольствами других сербских обителей неоднократно посещали Москву, ставшую центром православного мира, с целью получения помощи от царя и Русской церкви. При царе Михаиле Фёдоровиче Папрачский монастырь (Папрача) получил право каждые восемь лет приезжать в Москву за милостыней. В XVIII в. эти связи укрепились и приобрели иной характер благодаря деятельности в России выходцев из православных семейств Боснии и Герцеговины (например, Милорадовичи). В XVI–XVII вв. исследователям известно о существовании лишь одной православной сербской школы в Сараеве. В XVI–XVII вв. францисканцы отправляли духовенство на учёбу в Италию, Венгрию и католические школы Славонии, что обеспечивало высокий уровень образования. 11 сентября 1766 г. была упразднена Печская патриархия, и православные епархии перешли под юрисдикцию Константинопольского патриархата. С этого момента и вплоть до оккупации Австро-Венгерской империей высшая церковная иерархия была греко-фанариотской. Избрание архиереев утверждалось бератами. Существовала практика, по которой архиереи за поставление платили турецким чиновникам, о чём свидетельствует берат, выданный Дабро-Босанскому митрополиту Кириллу в 1776 г. Пастыри плохо знали сербский и церковнославянский языки, поэтому вводили в богослужение греческий. Всё это делало фанариотов непопулярными среди населения. Число храмов уменьшалось, ремонт оставшихся производился редко. Литургии часто совершались под открытым небом. Кризис Османской империи особенно обострился на рубеже XVIII–XIX вв., в эпоху активной русской экспансии на Чёрном море, на Кавказе и на Балканах. Для укрепления ослабленной войнами империи власти попытались провести экономические и административные реформы, которые не нашли поддержки в провинциях и спровоцировали рост антиосманского движения, во главе которого в начале XIX в. в Боснии и Герцеговине встали представители мусульманской знати. Пытаясь стабилизировать ситуацию, правительство империи старалось опереться на местную знать. В 1794 г. был утверждён уже существующий обычай, по которому христиане могли носить только чёрную одежду без украшений, не могли ездить верхом в городе и впереди мусульман, молодёжи запрещалось петь. Хотя турецкие власти издавали законы о религиозной, личной и имущественной свободе христиан, например, Гюльханеский хатт-и шериф 1839 г. о равенстве всех подданных султана, но они из-за противодействия мусульман редко осуществлялись на практике, поэтому к 1850 гг. при поддержке Сербского княжества во главе освободительного движения оказались представители христианского населения. В 1834 г. вспыхнуло антиосманское восстание под предводительством священника Йовицы Вучьяка.