В 1882 г. мусульманское население Боснии и Герцеговины выступило против проведения всеобщей мобилизации. Вена оказала им поддержку, сохранив за ними земельную собственность и ряд привилегий. Для пресечения планов сербов по присоединению своих районов к Сербскому княжеству была проведена их депортация и чересполосное расселение с мусульманским и католическим населением, а на границе с Сербским княжеством поселили католиков. 16 марта 1880 г. была заключена конвенция-конкордат с Константинопольским патриархом Иоакимом III, согласно которой греческая иерархия сменилась на сербскую, Константинопольский патриарх получал от правительства Австро-Венгрии денежную сумму взамен своих доходов, митрополиты утверждались австро-венгерскими властями и оплачивались из казны. Однако формальное подчинение церкви в Боснии и Герцеговины Константинопольской патриархии ещё сохранялось: в храмах поминали Вселенского патриарха как своего главу и получали миро из Константинополя. В то же время при поддержке австро-венгерских властей усилилась пропаганда католицизма, который с момента оккупации и до окончания Первой мировой войны стал государственной религией. С 1735 г. Ватикан назначал одного апостольского викария в Боснию и Герцеговину. В 1846 г. были назначены два викария, отдельно для Боснии и для Герцеговины. В 1881 г. Врхбосанская архиепископия с кафедрой в Сараеве была возведена в ранг митрополии, в Мостар перенесена кафедра из Дувно, и создана новая Баня-Лукская епископия. В 1890 г. в состав митрополии была включена Требине-Мрканская епископия с подчинением её администратору Мостара. Такое деление сохраняется и в настоящее время. Католическая пропаганда добилась перехода всех изданий в крае на латиницу, роста числа католических школ и формирования хорватского национального самосознания среди католиков Боснии и Герцеговины, однако их количество значительно не увеличилось, население, в основном, исповедовало православие благодаря активной антикатолической деятельности сербских пастырей, особенно митрополита Дабро-Босанского Саввы (Косановича). В 1882 или 1883 г. в Сараеве открылась консистория (духовный суд и семинария). Разрушенные монастыри возрождались как приходы (Липле, Крупа и Тврдош), совершались православные паломничества к чудотворной иконе Пресвятой Богородицы в Чайниче и к мощам святителя Василия в монастырь Острог (современная Черногория). В 1890 гг. началось массовое переселение мусульман в Турцию из-за неурожаев, налогового гнёта и введения всеобщей воинской повинности. На освобождавшиеся административные должности власти назначали местных католиков. К началу ХХ в. из 26% чиновников, уроженцев Боснии и Герцеговины, сербы составляли 3%, мусульмане – 5%, остальные были католиками.