В октябре 1929 г. был издан закон о новом наименовании государства – Королевство Югославия – и о новом территориально-административном делении государства на бановины (губернаторства), для решения остро стоявшего национального вопроса, специально игнорировавшего национальный состав их населения. В межвоенный период в Боснии и Герцеговине мусульманские политические организации безуспешно боролись за автономию. В апреле 1939 г. бановине Хорватия была дана автономия, в 1941 г. передано управление некоторыми районами Боснии и Герцеговины с хорватским большинством населения и сербскими анклавами. Таким образом, Югославия была поделена на сербские и хорватские зоны влияния, что деморализовало мусульман и поощрило сербских националистов считать оставшиеся районы Боснии и Герцеговины частью Сербии. С государственным строем изменилось и церковное устройство. В мае 1919 г. в Белграде состоялся Собор православных епископов, принявший решение о восстановлении Печской патриархии. Титул митрополии сохранялся за Дабро-Босанской кафедрой. В 1925 г. из Баня-Лукской была выделена Бихачская епархия с кафедрой в Бихаче. Во время Второй мировой войны Босния и Герцеговина в 1941 г. была включена в состав созданного Гитлером на землях Югославии фашистского образования – Независимого государства Хорватия (НГХ). На территории Боснии и Герцеговины началась партизанская война с немецкими войсками. Сербская церковь поддерживала монархию, поэтому оказывала содействие четническому движению Д. Михайловича в Боснии и Герцеговине, в то время как католическая церковь поддержала власть усташей. Руководство НГХ провозгласило программу создания «чистого пространства для жизни хорватов», по которой предполагало одну треть сербского населения уничтожить, вторую – изгнать, а третью – обратить в католичество. В апреле и мае 1941 г. вышли указы о запрещении использования кириллицы и о закрытии всех православных начальных школ. Мусульмане стали считаться хорватами, принявшими ислам, поэтому они выступали союзниками хорватов в борьбе с сербами. Известно об участии в зверствах над православными католических священнослужителей и мусульманских духовных лиц. Весной и летом 1941 г. были арестованы или изгнаны с кафедр правящие архиереи Сербской православной церкви. Жертвами стали митрополит Дабро-Босанский Пётр (Зимонич), епископ Баня-Лукский Платон (Йованович), епископ Горно-Карловацкий Савва (Трлаич). С 1941 по 1945 гг. погибло около 120 священников Боснии и Герцеговины, более 220 стали беженцами. Многие православные храмы были обращены в хозяйственные объекты, некоторые отданы католикам и униатам. На территории Боснии и Герцеговины действовал «Отдел по разрушению сербских церквей».