Правительственные войска в августе 1994 г. ликвидировали это образование, обвинив его руководителей в измене родине. Каждое из новообразований на территории Боснии и Герцеговины создавало свои органы управления и военные подразделения, при использовании которых в начале 1992 г. началось территориальное разграничение. Уже к маю 1992 г. военные столкновения происходили во многих районах Боснии и Герцеговины. Начали поступать сведения о тысячах беженцев, «зачистках» территорий, концентрационных лагерях и т.п. Мировое сообщество предлагало различные способы урегулирования ситуации в Боснии и Герцеговине, в основном, путём кантонизации, которые не могли удовлетворить все стороны и лишь провоцировали новые столкновения конфликтующих сторон для установления контроля над территориями. В первый год противостояния сербы контролировали более 60% территории. В декабре 1992 г. Республика Сербская приняла Декларацию об окончании войны и защите своих границ политическими средствами. Но с 1993 г. мусульмане пытались отвоевать у сербов часть территорий, в то время как хорваты воевали и с мусульманами и сербами за «свои» территории. В Боснии и Герцеговине были размещены миротворческие силы ООН, к которым потом присоединились силы НАТО, занимавшие антисербскую позицию. С февраля 1994 г. сербские позиции стали подвергаться ударам авиации НАТО. Перелом в ситуации наступил весной 1994 г., когда США заставили мусульман и хорватов пойти на примирение, а затем на создание Мусульмано-Хорватской Федерации, о чём было провозглашено 18 марта 1994 г. К концу 1995 г. территория Боснии и Герцеговины была поделена на три этнические области, с помощью НАТО сербская армия была ослаблена, мусульмане и хорваты смогли отвоевать у сербов значительную территорию. Под давлением США и международных организаций противоборствующие стороны были вынуждены пойти на переговоры, которые состоялись на военной базе в Дейтоне (США, штат Огайо) с 1 по 21 ноября 1995 г. и заключались в согласовании и подписании пакета договоренностей, включавших карты разделения Боснии и Герцеговины на два образования – Мусульмано-Хорватскую Федерацию Боснии и Герцеговины (Сараево, 51% территории) и Республику Сербскую (Баня-Лука, 49% территории), военные аспекты урегулирования, гражданские вопросы государственного строительства, восстановления экономики, решения гуманитарных вопросов и т.д. Весь последующий период под управлением Верховного представительства ООН в Боснии и Герцеговине осуществлялась намеченная в Дейтоне программа: формировались органы власти, проводились выборы в парламенты образований и государства в целом, разграничивалась территория, разоружались военные формирования, создавались условия для возвращения беженцев и т.п. Во время войны погибли 200-250 тыс. человек, многие были вынуждены стать беженцами: из Восточной Боснии, Восточной Герцеговины и Краины было изгнано около 800 тыс. мусульман, из Западной Герцеговины, Средней и Западной Боснии – около 800 тыс. сербов, из Центральной – около 500 тыс. хорватов.