Иногда православные церкви становились местом массовых расправ с сербским населением. Сотни тысяч православных сербов были изгнаны. Многих сербов принудили перейти в католичество (от 100 тыс. в 1941 г. до 350 тыс. человек за годы войны). Для раскола единства православного населения, последующей унии и постепенной ассимиляции сербов была создана так называемая автокефальная Хорватская православная церковь, главой которой был поставлен архиерей РПЦЗ архиепископ Ермоген (Максимов), состоявшая из четырёх епархий, в том числе Сараевской. После окончания войны эта церковь прекратила своё существование. В Хорватии и Боснии и Герцеговине действовали концентрационные лагеря, самый известный из них – Ясеновац, где приняли мученическую кончину тысячи сербов, евреев и цыган. За время Второй мировой войны в Боснии и Герцеговине погибло 179 тыс. человек, из которых 72% составляли сербы, 16,5% мусульмане, 4,4% хорваты, страну покинули около 200 тыс. сербов, были уничтожены 92 православных храма, 94 мечети и 21 католический храм. После освобождения Югославии от немецкой оккупации Босния и Герцеговина как самостоятельная республика вошла в состав Федеративной Народной Республики Югославии (ФНРЮ), провозглашённой 29 ноября 1945 г., в апреле 1963 г. преобразована в Социалистическую Федеративную Республику Югославию (СФРЮ). Конституция 1946 г. провозгласила отделение церкви от государства. Границы новых республик были определены произвольно и не совпадали с этническими. Босния и Герцеговина была центральной республикой ФНРЮ (СФРЮ) со смешанным населением: по переписи 1948 г., сербы составляли 44%, мусульмане – 30,7, хорваты – 23,9%. В республике в послевоенные годы было 418 православных храмов и десять монастырей, 566 католических храмов и 18 монастырей, 713 мечетей. В 1947 г. в стране началась агитация мусульманских женщин за снятие паранджи, в 1950 г., когда скупщина Боснии и Герцеговины приняла закон о запрещении ношения паранджи. С 1970 гг. благодаря близким отношениям Белграда с арабским миром ислам переживал в Югославии возрождение. За послевоенный период в стране строились новые мечети, местная молодёжь получала высшее исламское образование на Среднем Востоке. Католикам Югославии оказывали поддержку католические круги Австрии и Италии. Православная церковная жизнь осложнялась коммунистической политикой руководства государства, в послевоенные годы проводившего репрессии в отношении православного духовенства. В Боснии и Герцеговине в 1960–1970 гг. наметился рост мусульманского населения. По переписям населения, в Боснии и Герцеговине в 1961 г. было 42,89% сербов, 25,69% мусульман и 21,71% хорватов; в 1971 г. – соответственно 37,19%, 39,57% и 20,62%; в 1981 г. – 32,02%, 39,52% и 18,38%. По переписи 1991 г., опубликованной в 1992 г. в разгар военных действий, население республики составляло 4377 тыс. человек: 31,2%  – сербы, 43,5% – мусульмане и 17,4% – хорваты, 5,6% самоопределились как «югославы», большинство из них составляли сербы и дети от смешанных браков, которых в 1991 г. было 27%.