Попытки властей среди населения Боснии и Герцеговины внедрить концепцию единой «боснийской» народности не удались. Австро-венгерские власти активно вмешивались во внутреннюю жизнь Боснии и Герцеговины, используя принцип «разделяй и властвуй»: противопоставляя хорватам сербов, сербам хорватов, тех и других мусульманам. В 1880 гг. для уменьшения прорусских настроений было выдвинуто требование заменить напечатанные, в основном, в России церковные книги на опубликованные в Австрии. Особенные препятствия чинились при организации сербских православных начальных школ. Представители сербской общественности 25 ноября 1896 г. обратились в Вену с меморандумом, в котором сообщали о нарушениях прав сербского населения, о неправомочной деятельности католических проповедников; они требовали церковной автономии при сохранении связей с Константинополем. Не получив ответа из Вены, народные представители передали в августе 1898 г. Константинопольскому синоду проект церковного устройства, но он был отвергнут, что вызвало охлаждение в отношениях верующих к высшим церковным иерархам. В 1897 г. в Мостаре была установлена консистория, а в 1900 г. учреждена Баня-Лукская епархия. В 1905 г. был принят новый порядок церковного и образовательного управления. Правящие митрополиты занимали посты председателей епархиальных церковных судов и советов. Церковный совет (скупщина) состоял из всех совершеннолетних мужчин православного вероисповедания, собирался два раза в год, избирал церковно-образовательный комитет, кандидатов в священство и представлял их на утверждение епископу. Главы архиерейских наместничеств не обременялись приходами и контролировали общины, отчитываясь перед церковным судом и епархиальным советом. Помимо двух–трёх постоянных членов-чиновников в церковных судах были также шесть членов из приходского духовенства, которых выбирало все священство епархии. В Сараеве действовал Большой административный и просветительский совет, решавший общие вопросы управления и образования. Богослужебным языком был сербский (письменность на кириллице). В конце XIX – начале XX вв. повысился уровень образования духовенства, из наиболее известных церковных писателей в это время работали митрополит Савва (Косанович), митрополит Георгий (Николаевич), Г. Йованович, С. Трифкович, Н. Лалич, Г. Больярич, протоиерей Фома Алагич, А. Йоканович, Х.М. Попадич, описавший путешествие в Иерусалим, Й. Гргурович, издавший школьную «Православную христианскую науку». Историей Сербской церкви занимались В. Глушац, В. Скарич, С. Любибратич, написавший «Об организации Сербской Церкви» и Проект Устава Сербской церкви. Священники Петар Радженович и Милан Каранович составили исследование по сербскому фольклору. Издавался ряд православных периодических изданий: газета «Дабро-Босанский источник» (с 1887 г., с 1890 г. – «Босанско-Герцеговачский источник»), «Вестник» (с 1909 г.), «Сербский священник» (1912–1913 гг.), «Босанская вила» (издаётся до настоящего времени).