В 1991 г. из 106 территориальных общин Боснии и Герцеговины больше 50% мусульманского населения было в 35, а сербских – в 32. Сербское население преобладало в Западной Боснии и Восточной Герцеговине, мусульманское – в Центральной и Восточной Боснии, хорватское – в Западной Герцеговине. При этом сербы занимали ведущее место в этническо-территориальном составе Боснии и Герцеговины, представляя большинство населения на 53,3% территории. Югославия была неоднородным в экономическом и политическом отношениях объединением, из-за чего между республиками нарастали противоречия. В конце 1980 гг. СФРЮ перестала существовать как экономическое целое, в республиках прозвучали требования суверенитета. В Боснии и Герцеговине по причине слабой экономики, многонационального и многоконфессионального состава населения не смогла сформироваться политическая партия, которая выражала бы интересы большинства населения. 25 июня 1991 г. объявили о своей независимости Словения и Хорватия. Федеративная армия была готова сохранить единство государства. После вмешательства международных организаций удалось достичь компромисса в Словении, и в январе 1992 г. её независимость была признана мировым сообществом. В Хорватии в 1991 г. начались военные столкновения между сербами, компактно проживавшими на трети её территории и не желавшими выходить из состава Югославии, и хорватской армией, отстаивавшей независимость и целостность республики. Под влиянием событий в соседних республиках мусульманские и хорватские депутаты парламента Боснии и Герцеговины выступили за провозглашение независимости, и 15 октября 1991 г. скупщина в отсутствие депутатов-сербов, стремившихся к сохранению Боснии и Герцеговины в составе Югославии, приняла Меморандум о суверенитете. В знак протеста сербы в ноябре 1991 г. провели в сербских районах плебисцит и 9 января 1992 г. провозгласили образование Сербской Республики, позже переименованной в Республику Сербскую. В проведённом мусульманами и хорватами при бойкоте сербами референдуме 29 февраля – 1 марта 1992 г. приняли участие 63,4% всего населения, из которых 62,68% проголосовали за независимость. 6 апреля 1992 г. независимость Боснии и Герцеговины признали страны ЕС, 7 апреля – США. 22 июня Босния и Герцеговина была принята в состав ООН. Целью хорватов стало основание независимого государства в рамках Боснии и Герцеговины и достижение конфедеративных отношений с Хорватией. 3 июля 1992 г. в Боснии и Герцеговине было провозглашено Хорватское содружество Херцег-Босна со столицей в Мостаре, преобразованное 28 августа в Хорватскую Республику. В то же время часть мусульман Боснии и Герцеговины, не поддерживавшая военной политики правительства, 27 сентября 1993 г. провозгласила создание Автономного края Западная Босния, а 26 июля 1994 г. – Республики Западная Босния со столицей в городе Велика-Кладуша, что было попыткой доказательства возможности мирного сосуществования трёх народов на территории Боснии и Герцеговины.