Идеи гностицизма отвергали самый корень общения между абсолютным и относительным бытием, отделяя непроходимой пропастью верховное Божество от Единого истинного Богочеловека, соединившего в себе всю полноту абсолютного и относительного бытия. Гностицизм допускал только Бога, показавшегося человеком, и человека, казавшегося Богом. Это учение называется докетизмом, которое в практической области определяет два противоположных направления: 1) если плоть безусловно чужда духу, то нужно или совсем от нее отрешиться, или же 2) предоставить ей полную волю. Первое из этих направлений – аскетизм – более прилично для людей душевных, а второе – нравственная распущенность – более подобает совершенным гностикам, или людям духовным.

Все более активное нападение гностицизма, грозившего обезличить новую религию, христианская Церковь начинает испытывать со II в. Она боролась с наводнением апокрифической литературы или тем, что противопоставляла ей свою письменность такого же рода, или же обезвреживала апокрифы, допуская их к обращению. Все это привело к появлению так называемой апологетики, которая отстаивала христианское учение от нападений язычников. Она состояла из двух элементов, оборонительного и агрессивного; вначале преобладал оборонительный элемент, и лишь к концу периода (т.е. ко времени признания христианства в качестве государственной религии) христиане чувствуют себя настолько сильными, что от защиты собственной религии переходят к письменному обличению религии язычников.

Так как первые споры о христианской религии велись не с язычниками, а с иудеями, то и первая апология была направлена против иудаизма с целью доказать, что христианство – истинная религия Писания и исполненных пророчеств. Первый пример агрессивной апологии принадлежит Татиану. Автор относится одинаково враждебно как к художественной форме античной литературы, так и к ее философскому содержанию. Характерно, что почин Татиана не нашел последователей. Прямой противоположностью является «Заступничество за христиан» Афинагора, в котором он опровергает обвинения, касавшиеся т.н. фиестовских пиршеств и эдиповских совокуплений.

Вторым направлением христианских писателей этого времени была догматика, т.е. изложение христианского учения. Это были отчасти трактаты, форма которых была заимствована из богатой философской литературы язычников, отчасти экзегезы, т.е. пояснительные статьи к отрывкам, личностям или мотивам Писания. Настоящим догматистом был Ориген. Благодаря ему греческое ученое богословие получило тот неоплатонический характер и несколько рационалистических выводов, которые еще при жизни автора привели его к отлучению от Церкви. В частности, Ориген придерживался совершенно нехристианского взгляда на проблему конца света и доказывал, что в подлинном, абсолютном смысле конца света нет и не может быть. Созданная Богом Вселенная вечна, меняется лишь сам Бог, переходя из одного состояния в другое.

Апологеты узаконили философскую, а с ней и вообще научную работу в Церкви: Климент Александрийский дал этюды по богословию, Ориген – первую цельную систему. Одновременно началась разработка двух основных догматов теоретического богословия: о Троице и о Богочеловеке, составлявшая главный труд церковной мысли в эпоху Вселенских соборов. Первый был сформулирован на Втором Вселенском соборе, над вторым работали соборы с Третьего по Шестой.