Естественно, такая деятельность папы устраивала не всех. Экстремистские круги не останавливались даже перед попытками физической расправы. По числу совершенных посягательств на его жизнь Иоанн Павел II стал рекордсменом среди пап, пережив четыре покушения. К счастью для папы, все попытки лишить его жизни остались безрезультатными, фанатики осуждены и … прощены им.

В понтификат Иоанна Павла II славянские просветители Кирилл и Мефодий были провозглашены святыми покровителями Европы, наряду с католиком св. Бенедиктом. Признано, что Галилео Галилей незаконно осужден Церковью, выражена признательность нехристианину Альберту Эйнштейну за его вклад в науку. Но одновременно в своих энцикликах папа неукоснительно укреплял консервативные догматы католичества, отдавая ему приоритет перед другими конфессиями. В этой связи у Ватикана и сегодня непростые отношения с православием, в частности, с Русской Православной Церковью.

Особое возмущение у православных христиан вызывал тот факт, что Иоанн Павел II в проповедях относительно единства христиан всегда предлагал принять примат Рима. В частности, совместная литургия Константинопольского патриарха Димитрия I во время его поездки в Рим и папы Иоанна Павла II 6 декабря 1987 г., транслировавшаяся по телевидению, признана «грандиозным экуменическим спектаклем». Такой «руководящий и направляющий» экуменизм православные христиане принять не могли и не могут.

Не произошло сближения русского православия с Ватиканом и по поводу празднования 1000-летия принятия христианства на Руси, проведенного в Москве, Киеве, Ленинграде и Владимире. В Киев папа направил делегацию во главе со статс-секретарем кардиналом Казароли. В особом послании к этому юбилею папа назвал Русскую Православную Церковь «Церковью-сестрой», правда, не уточнив, какой сестрой – младшей или равной. Кроме того, в послании не были осуждены преследования, которым подвергались верующие в СССР. Но главное то, что до сих пор между РПЦ и Ватиканом нет единства по «униатскому» вопросу, миссионерской деятельности католиков и протестантов в современной России.

19 апреля 2005 г. на папский престол вступил декан Коллегии кардиналов Йозеф Алоиз Ратцингер под именем Бенедикта XVI. Немецкий кардинал продолжил церковную политику Иоанна Павла II. Он считается лидером так называемого консервативного крыла, не желающего резких перемен в политике Ватикана. Второй раз подряд католическую Церковь возглавляет не итальянец. Уже в первой энциклике Бенедикта XVI «Бог есть любовь» папа рассуждает о различиях эротической любви между мужчиной и женщиной и идеализированной бескорыстной любовью. Отсюда и тема второй части этого документа – роль Церкви, демонстрирующую через милосердие свою любовь к человечеству. Во второй энциклике «Ибо мы спасены в надежде» понтифик рассматривает феномен атеизма и связанные с ним многие проблемы современного общества.