В том же году Василий II обратился с посланием к константинопольскому патриарху Митрофану, заменившего в 1440 г. умершего Иосифа II. В этом письме, сообщая о низложении Исидора за его отступление от православия, он просил благословения на поставление митрополита Ионы Собором русских епископов, мотивируя свою просьбу отдаленностью и опасностью путешествия для кандидата в митрополиты от Царьграда из-за нашествия агарян (т.е. татар), а также из-за неустроения и мятежей в окрестных странах. Такая мотивировка, по сути, является дипломатической уловкой, которую можно объяснить тем, что в Москве не знали об отношении Константинополя к унии. Когда же стало известно, что император и патриарх поддержали униатов, посольство с письмом вернули. Соборное поставление Ионы Рязанского митрополитом произошло лишь в 1448 г. из-за начавшейся вскоре междоусобной войны между Василием II и его соперником князем Галича Костромского Дмитрием Шемякой. Но этот шаг не воспринимался как введение принципиально нового порядка церковного управления, а считался следствием впадения императора и патриарха в ересь. Свидетельством тому послужило новое послание Василия II в Константинополь, адресованное последнему византийскому императору Константину XI Палеологу, отказавшемуся от унии.

Извещая о возведении Ионы на митрополичью кафедру, московский князь, тем не менее, выражал готовность к восстановлению канонического единства с Константинопольской патриархией. Однако эта грамота тоже не была отправлена по адресу ввиду возобновления Константином XI переговоров об унии. После же падения в 1453 г. Византийской империи автокефалия русской Церкви стала свершившимся фактом, а ее предстоятель митрополит Иона занял фактически независимую от Константинопольского патриарха позицию. В 1448 г., обращаясь к киевскому князю Александру по поводу своего избрания, он подчеркнул, что лишь на Руси сохранилась истинная православная вера, хранителем и защитником которой является московский князь. В известном церковном полемическом сочинении того времени «Слово избранное от святых писаний…» князь Василий II Темный именовался «православным боговенчанным царем всея Руси». Иначе говоря, несмотря на формальное подчинение ордынскому хану, он мыслился политическим главой всего православного мира, законно занявшим место византийских императоров. Так закладывались основы религиозно-политической доктрины Москва – Третий Рим.

Таким образом, автокефалия Русской Церкви явилась не результатом политического и военного соперничества с Константинополем, как это произошло в Сербии и Болгарии, а одним из последствий Флорентийской унии. Канонически она была узаконена в 1464 г., когда преемник Ионы митрополит Феодосий получил благословение на занятие кафедры от отвергнувшего унию Иерусалимского патриарха Иоакима. Константинопольская же патриархия, хотя и порвала с Флорентийской унией сразу после турецкого завоевания Константинополя, признала автокефалию русской Церкви лишь в 1589 г. при учреждении патриаршества в России.