Однако решение Константинополя в отношении Петра, хотя и явило собой образец изощренной византийской дипломатии, было чревато большим риском. Если поставление на митрополичью кафедру грека не вызвало бы особых нареканий, то русский митрополит, поставленный вопреки воле владимирского великого князя и помещенный в его стольном городе, не мог не стать причиной конфликта.

Несмотря на то, что Петр в 1309 г. получил ярлык от золотоордынского хана Тохты, Михаил Тверской попытался сместить митрополита, обвинив его в торговле церковными должностями. Однако церковный Собор, созванный в 1311 г. в Переславле-Залесском для суда над Петром, его оправдал. Такой исход дела предопределила поддержка митрополита соперником Михаила Тверского московским князем Юрием Даниловичем, под защитой которого Петр укрылся в Москве, где в 1326 г., согласно завещанию, был погребен в кремлевском Успенском соборе. После этого преемники Петра уже не покидали Москву.

Унаследовавший Московское княжество Иван Данилович Калита отчетливо осознавал, что поддержка митрополита окажет существенную помощь его планам в достижении великокняжеского престола. Митрополит Петр любил Москву и подолгу жил в ней, и князю Ивану Калите удалось убедить его оставить на Москве хотя бы свой прах, чтобы и другие митрополиты имели какие-нибудь побуждения также гостить и проживать в ней. Превращение столицы небольшого удельного княжества в митрополичий город многократно усиливало политический потенциал московских князей – собирателей русских земель. Именно этим объясняется их стремление обеспечить единство Русской митрополии под властью Московских митрополитов, равно как и поддержка митрополитами московских князей. С этой целью князь в августе 1326 г. спешно начал строительство Успенского собора, в незаконченной стене которого и был погребен митрополит Петр.

Преемник Петра митрополит Феогност в 1328 г. оказал содействие московскому князю Ивану Калите отнять с помощью ордынского войска у тверских князей право на великокняжеский престол. В дальнейшем Феогност способствовал возведению на митрополичью кафедру своего преемника Алексия, разделявшего его взгляды на поддержку московской великокняжеской политики. Ставший фактическим главой московского правительства при малолетнем князе Дмитрии Донском, Алексий сыграл выдающуюся роль в качестве опекуна и советника московской княжеской династии, всячески поддерживая объединительную политику московских князей.

Становление Московской Руси происходило при тесном сотрудничестве княжеской и церковной власти. При этом важнейшим источником поддержания авторитета Московских митрополитов являлось сохранение порядка их посвящения в сан константинопольским патриархом и византийским императором. Имея столь солидную опору вне Руси, митрополиты могли сохранять свою самостоятельность по отношению к московским князьям.

Идея о верховном суверенитете византийского императора над всеми православными народами, включая население Древнерусского государства, просуществовала до самого конца империи.