Наиболее примечательным явилось распространение на митрополичью кафедру обязанностей военной службы. Она сделалась аналогичной той, которую несли удельные князья, выступавшие по призыву великого князя в поход со своими полками.

Опуская подробности, можно сказать, что давшее сбой византийское дипломатическое искусство во время назначения митрополитов в процессе деления Руси на Восточную и Западную сильно уронило нравственный авторитет греков в глазах русских, упал даже авторитет митрополичьей власти перед властью русских государей. Эти конфликты научили русских князей выбирать себе из нескольких митрополитов более угодного, а неугодного без рассуждений удалять. Тем не менее, каноническая зависимость Русской Церкви от Константинопольской патриархии под сомнение пока не ставилась. Благодаря этому московским митрополитам до середины XV в. удавалось сохранять лояльность к московским князьям и одновременно поддерживать добрые отношения с польским королем Ягайлой и великим князем литовским Витовтом даже в условиях военной конфронтации Литвы и Польши с Москвой и оберегать таким образом единство разделенной государственными границами Русской митрополии.

Ситуация резко изменилась в связи с событиями Ферраро-Флорентийского собора, созванного в 1439 г. с целью соединения (унии) православной и католической Церквей. Со стороны императора Иоанна VIII Палеолога и патриарха Иосифа II участие в Соборе, созванном Римским папой Евгением IV, было отчаянной попыткой спасти Византию от турецкого нашествия посредством военной помощи Западной Европы в обмен на заключение унии с Римско-католической Церковью. Причем греческая сторона надеялась на то, что ей удастся избежать вероисповедного компромисса с Римом.

В связи с тем, что церковная уния практически не имела смысла без привлечения к ней Русской митрополии, Константинополь добился замещения Московской кафедры сторонником унии греком Исидором. Московский князь Василий II Васильевич по прозвищу Темный (поскольку был ослеплен в ходе борьбы за княжеский престол), хотя и выдвинул в митрополиты своего кандидата – епископа Иону Рязанского, дал согласие принять в Москве Исидора. Это решение означало, что сохранение канонического единства с Константинопольской патриархией оставалось для князя приоритетным.

Получив от Василия II напутствие защищать перед «латинянами» православную веру и прибыв на Собор в Феррару, Исидор повел себя прямо противоположным образом. Он не только стал инициатором заключения Флорентийской унии на условиях Римской курии, но сумел склонить к ней византийского императора и большую часть греческих иерархов. Перед возвращением на Русь Исидор принял от папы Евгения IV сан кардинала-пресвитера и титул папского легата в ливонских, литовских, русских и польских землях. Однако его попытка ввести унию по возвращении в 1441 г. в Москву вызвала решительное противодействие князя и всего русского епископата, завершившееся низложением Исидора.